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乙酰羟酸合成酶(AHAS)是催化支链氨基酸生物合成的第一关键性酶。通过抑制AHAS的催化活性，使支链氨基酸的生物合成受阻，导致蛋白质合成停止，从而使植物生长严重受损直至死亡。由于AHAS存在于植物、真菌和细菌类中，对AHAS抑制剂的研究已成为新型、高效、低毒除草剂开发的主流。现阶段AHAS抑制剂主要有磺酰脲类、咪唑啉酮类、磺酰胺类和嘧啶水杨酸类。本文基于报道的五个AHAS．磺酰脲类抑制剂和一个AHAS．咪唑啉酮类抑制剂的复合物晶体结构，用分子对接、分子动力学模拟(MD)方法对AHAS与其抑制剂的结合模式、结合强度、抑制剂结构与活性的关系等进行了研究，为进一步开发新型高效、低毒除草剂提供了有用的信息。论文主要包含以下几方面的工作：
(1)基于酵母AHAS与磺酰脲类抑制剂复合物的晶体结构，用分子对接方法对AHAS与5个磺酰脲类抑制剂相互作用的方式进行了系统的分子对接研究。结果表明，晶体复合物对接和假复合物对接两种模式对接的结果基本相同，并与实验结果吻合；辅酶的加入，对结合顺序基本没有影响。其中FAD的加入使结合更加稳定，而抑制剂与ThDP间不利的静电相互作用可能是加速ThDP降解的原因。此外，对5个酵母AHAS与磺酰脲类抑制剂的复合物进行了lns的分子动力学模拟，结果表明，五个复合物在整个动力学过程中非常稳定，抑制位点及重要的作用残基位置及结构随时间变化不大。
(2)基于拟南芥AHAS与眯唑啉酮类抑制剂IQ的复合物晶体结构，用分子对接方法对AHAS与IQ及其衍生物的相互作用模式进行了系统的分子对接研究。研究结果表明，随着R取代基疏水性的增加，其抑制剂的活性也随之增大，当取代基重原子超过3的时候，活性会变小。R为H时，化合物IP存在正反两种主要构型，为进一步了解化合物IP与AHAS的作用模式，又对其进行动力学的研究，结果表明化合物IP和IQ所匹配的受体作用模式稍有不同，即由于化合物IP体积较小，受体会与之相适应，抑制口袋会变小。