本研究是本着文献为引，实证研究为辅，从文献中梳理研究问题、框架，以实证研究实践文献的理论框架，并印证文献分析的思路，遵循文献提炼与实证研究相结合的原则，以综合性大学为研究对象，通过问卷分析与文献分析相互印证以求对大学组织结构和创新气氛提一点粗浅的见解。本研究的文献分析有两条线索：一是国内外学者在组织结构、大学组织结构、创新气氛方面的理论研究情况。笔者通过此线索确立了自己的概念和理论分析框架；另一条线索是中国大学组织结构、创新气氛的现状。笔者试图从中国大学组织结构与创新气氛的现状分析中发现问题、分析导致问题产生的原因以及解决问题的途径。本研究使用的问卷是在参考国外关于组织结构、创新气氛问卷的基础上改编的，分为大学组织结构问卷和创新气氛问卷两部分。大学组织结构问卷的三个变量是复杂性、分权度和正规化；创新气氛问卷的三个变量是资源、动力和探索。问卷统计分析主要在描述统计、相关分析、多因素方差分析的基础上进行，通过以上分析工具不仅描述了组织结构和创新气氛的现状，证明大学组织结构对创新气氛存在影响，且揭示了大学组织结构是如何影响创新气氛的。对数据的使用以适度为标准，而并不过分依赖于数据。最终建议是以文献分析和问卷分析为共同基础提出，表明了大学组织结构和创新气氛现状、存在的问题以及努力的方向。