本研究选取国内三家屠宰加工卫生条件存在显著性差异的肉牛屠宰企业，对最终冷却牛肉产品所有可能接触的加工表面进行微生物取样，同时对相应生产批次的冷却牛肉的西冷部位进行取样，并进行真空低温贮藏。采用传统微生物分析技术和PCR-DGGE技术，分析肉牛屠宰过程中各个关键点及真空包装牛肉低温贮藏过程微生物的群落结构及种群的变化，通过分析在肉牛屠宰过程污染的微生物与冷却牛肉贮藏期间微生物种群相似性，找到真空包装冷却牛肉主要污染微生物种群在肉牛屠宰加工过程中主要污染环节的来源。对于进一步深入了解真空包装冷却牛肉的微生物多样性、肉牛屠宰关键控制点的确定和针对主要腐败菌和关键控制点的减菌和保鲜措施提供理论依据。本研究的主要试验结果如下：1、通过对国内三家企业肉牛屠宰和分割过程中主要接触面的微生物污染情况研究，得出三家企业的各环节的微生物污染情况存在显著差异（P<0.05）。且很多接触面的菌落总数超过104CFU/cm2，未达到国内外相应规定标准，导致生产的冷却牛肉的初始菌落总数超标（>104CFU/g），产品货架期缩短至4-6周。2、通过对三家企业肉牛屠宰和分割过程中主要接触面的微生物多样性和相关性分析，发现企业各环节间和不同企业同一环节间的微生物污染情况存在差异，各工序间胴体表面的微生物数量存在极显著的相关关系，与贮藏肉样的菌群存在相似性。综合三家企业数据分析得出，屠宰环节的去内脏刀、屠宰工人手和分割间的剔骨刀、剔骨围裙、修整刀、修整工人的手、修整案板、修整围裙、传送带的表面微生物污染情况与贮藏末期的肉样的微生物多样性最为相似，可以确定为主要的污染来源。特别是修整环节是最为主要的微生物污染环节。3、真空包装牛肉低温贮藏过程中，乳酸菌的含量呈上升趋势，并快速成为绝对优势菌群，达到108CFU/g。同时抑制了假单胞菌、热死环丝菌和肠杆菌的生长，其中假单胞菌和热杀索斯菌受到的抑制作用最明显。相较于菌落总数，乳酸菌数（108CFU/g）更适合作为指示真空包装冷却牛肉腐败的微生物指标。4、不同企业生产的真空包装冷却牛肉的的初始菌群结构存在差异，随着贮藏时间的延长，不同企业的贮藏肉样的菌群多样性降低，相似性上升，菌群结构日趋相似。5、通过序列分析，鉴定出不同生产企业的真空包装冷却牛肉产品在贮藏末期存在共同的优势菌群：乳杆菌属、肉食杆菌属、嗜冷杆菌属、热杀索斯菌和明串珠菌，其中清酒乳杆菌是贮藏期间的最主要的优势菌。