“有利被告”源于古罗马的著名法律谚语“in dubio pro reo”，意为“罪有疑问，利归被告”。罗马法时期之所以能够产生有利被告思想，乃是诉讼世俗化、诉讼国家化、诉讼正义化以及基督教的影响等多重因素综合促成的结果。罗马法中存在大量直接体现有利被告理念的条文，它们也同时成为疑罪从无、一事不再理（禁止双重危险）、禁止类推、从宽解释法律等原则的雏形。随着大陆法系对罗马法的继受和英美法系对罗马法的借鉴，“有利被告”逐渐成为各国刑事司法的重要原则或基本理念。　　由于历史原因，有利被告原则及理念在当代各国形成了不同的制度表达，理论地位与适用范围也出现了差异。本文根据各国在有利被告的理论应用中体现出的总体价值倾向，划分出“权衡模式”和“人权保护优先模式”，并分别以德国、美国和法国为主要代表，通过其各自的制度表现和历史成因对两种模式进行了解析。　　在对有利被告理论的历史起源和现实表现进行充分论证的基础上，本文进一步提出有利被告的“双层次概念模式”:在微观层面，有利被告是一个“原则”，用于解决具体存疑问题的裁判;在宏观层面，有利被告是一个“理念”，在刑事司法中有基础性地位，是一些特定制度的思想依据。同时，本文强调，微观层面的有利被告原则不仅可以适用于“事实存疑”，还应当适用于“法律存疑”、“程序重大存疑”和“诉讼前提要件存疑”;宏观层面的有利被告理念不应被盲目解读和扩大，不能将一切旨在保护被告人权利的制度都纳入有利被告的范畴，有利被告在各国具有稳定的、特定范围内的制度表现，是对“存疑”这一前提有限度的扩张。　　为了进一步论证有利被告理论的正当性，本文在第四章从政治基础、程序法基础和实体法基础三个角度论证了有利被告的理论根据，包括国家责任、宪政理念、控辩平衡、程序正义、预防误判以及刑法谦抑性理论。并在这一论证的基础上，提出有利被告原则与无罪推定原则、罪刑法定原则之间具有价值共通性和功能互补性的特点，进而确定有利被告原则的基础性地位。　　尽管有利被告的理论正当性毋庸置疑，但是在实践中，有利被告强烈的价值倾向将不可避免地同“被害人权利保护”和“犯罪控制”之间产生冲突。可以说，能否处理好有利被告同其他利益之间的关系，决定了有利被告理论的生命力。通过对“有利被告”与“被害人权利保护”、“犯罪控制”之间关系的深入剖析，可以解开许多观念与理论上的误解，并能够从制度上寻求平衡他们之间关系的方法。　　“有利被告”虽然是刑事司法的基本原则与基本理念，但在特定领域中，它的适用需要受到限制。这些特定领域包括刑事和解、刑事推定、法有明文规定、简易刑事程序、附带民事诉讼程序以及量刑程序等。明确有利被告的适用界线不仅不会削弱它的理论地位，相反会使它的作用领域变得更加清晰。　　由于“法律断层”的存在，研究“有利被告”理论在我国的传播与发展应以建国后为时间起点。有利被告理论在我国的传播经历了几次波折，直到20世纪90年代末，才逐渐成为一个独立的学术问题并形成规模化的讨论。此后，学者们在有利被告的“正当性”和“适用范围”的研究上取得了一定的成果。但是在实践中，我国对有利被告的适用却面临着许多制度问题与深层障碍。笔者根据本文对有利被告理论研究的成果，结合本章对中国问题的分析，提出应当首先澄清观念和理论上对有利被告的误解，同时通过设置司法救济途径、完善刑事和解制度与国家赔偿制度、改革权力机关的业绩考核体系、限制媒体报道等方式，对我国刑事司法进行温和的渐进式改革。