我国科技体制改革走过了十几年的历程，科研院所企业化改革经历了从量变到质变的两个阶段。本文分析了科研院所企业化转制的必要性，认为科研院所应在改制为科技型企业的过程中着重解决观念转变、产权结构多元化的实现、法人治理结构的建立和完善、人力资源管理与分配制度改革、财务管理运作的调整、科技创新体制与机制的转换等问题。运用泛股制理论对科研院所在科技型企业化转制中的产权结构创新进行了研究，设计了其股权结构，归纳并分析了科技型企业的主要股权激励模式。通过对科技型企业组织结构发展趋势的分析，提出了实施组织创新的要素。科技型企业应在建立内部技术创新机制的同时，进行融资创新，在分析科技型企业融资渠道和融资障碍的基础上，提出了支持科技企业发展的创业投资机制设计的思路。 作者以蚌埠玻璃工业设计研究院转制实践为案例，分析了其管理体制与运行机制的转变过程和结果，通过实际数据和成功业绩论证了该院改制为科技型企业后的成效。根据该院的实际情况，提出了进一步深化改制的思路。