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本文采用SSR标记和D-loop序列分析两种分子遗传标记的方法，分析南海海域红鳍笛鲷(Lutjanus erythopterus)、星点笛鲷(Lutjanus.stellatus)和紫红笛鲷(Lutjanusargentimaculatus)野生和养殖群体的遗传多样性及群体分化水平。所用10对微卫星引物来自郭昱嵩筛选的勒氏笛鲷微卫星引物，在6个笛鲷群体中共检测到了78个等位基因，除Lru020在星点笛鲷中表现为单态外，其余均表现为多态，不同座位上的等位基因数为3～18个，平均每个座位上的等位基因数为7.8个，养殖群体的等位基因数目较野生笛鲷群体均有所下降。6个笛鲷群体的多态信息含量(polymorphism information content)为0.3797～0.5922，观测杂合度(observed Heterozyg-osity)为0.9550～0.8100，红鳍笛鲷、星点笛鲷和紫红笛鲷的野生群体多态信息含量分别为0.5922，0.4584，0.5414，高于养殖群体的0.5032，0.3797，0.4300。SSR标记群体遗传变异说明三种笛鲷养殖和野生群体遗传多样性丰富，野生群体多样性高于养殖群体，野生和养殖群体间遗传分化系数为0.0371～0.1029，显示三种笛鲷的野生和养殖群体间遗传分化程度较弱。采用PCR扩增并测定了6个笛鲷群体共48个个体的D-loop全序列，序列长849bp，A+T(62.1％)含量明显大于大C+G(37.9％)的含量。共检测到35种单倍型，6个群体的单倍型多样性为0.8570～1，群体内核苷酸多样性水平(Pi)平均为0.0130～0.0446，平均核苷酸差异数(K)为10.680～36.7500，三种笛鲷养殖和野生群体遗传多样性水平较高。红鳍笛鲷、星点笛鲷和紫红笛鲷的野生群体的核苷酸多态性指数分别为0.0130，0.0169，0.0446，高于养殖群体的0.0128，0.0161，0.0342。检测到群体的总变异位点数为396个，其中有321个多态位点，含简约信息位点占298个，占总序列的92.8％。紫红笛鲷的野生和养殖群体分化较大，遗传分化系数为0.1985。SSR标记和D-loop区分析结果都显示三种笛鲷遗传多样性水平较高，养殖群体的遗传多样性水平均低于野生群体，等位基因平均数和核苷酸多样性指数分别降低了6.0～20.8％、3.0～23.3％，应采取相关措施保护好笛鲷的种质资源。