近年来，我国民办高等教育得到了快速发展，适应了我国经济社会发展和教育发展的需要。此背景下，重庆市民办高校得到了迅速发展，办学层次逐渐多样化，办学规模不断扩大，伴随着高等教育改革的不断深化，重庆市民办高校的发展进入了“稳规模、强内涵、显特色”的重要发展时期，相应的，作为制约学校发展的重要因素——组织管理问题提上了重要日程。　　为更好地贯彻落实《国家中长期教育改革和发展规划纲要》，深入推进大学制度创新和管理创新，更好地适应现代大学管理要求，在组织管理问题上，目前，尝试进行管理体制改革的重庆市大多数民办多实行董事长领导下的校长负责制，以深化内部管理体制改革。其中，科学设置管理机构，合理有效分配权力，明晰职责是实现民主和科学管理的关键。作为科学有效的新型管理模式，扁平化管理被广泛地应用于很多组织尤其是企业组织。民办高校不同于公立高等学校，除了承担人才培养、科学研究、文化传承和服务社会这四项我国高等学校的主要职能之外，还要实现办学的经济效益。相较于公立高校，民办高校更应体现办学机制体制的效率和优势，在组织管理问题上，不能一概效仿大多数公立高校或母体高校的层级化管理模式。　　调研表明，重庆市民办高校组织结构及管理中存在的典型问题如纵向组织结构行政化特征明显，运行效率有限;横向治理组织设置随意，运行不畅;纵向层级设计中集权程度过高，影响运行效率等，有其深刻原因:一方面民办高校的公益性与资本意志的冲突难以协调，举办者多持商业项目运作思维;另一方面，民办高校举办者多坚持经验型管理理念和方法，怠于实施组织管理改革。　　近来，尝试进行扁平化管理改革的重庆CM学院，通过压缩横向组织规模，增加管理幅度;机构设置调整，减少和调整中间层;按工作任务设岗，厘清管理职能，明晰管理职责;工作团队化设计——跨部门、跨层次组建横向结构组织;全员全岗目标管理和绩效考核等实质性举措，大幅提高了管理效能，理顺了工作程序，使学院的组织管理逐渐向科学化、合理化和现代化方向发展。　　鉴于此，重庆市民办高校组织管理改革可从以下三个方面入手:其一，借鉴国家行政管理改革经验，试行职能部门大部制改革;其二，加强学校信息化建设，优化服务流程，切实提高行政效能和管理水平;其三，加强横向治理组织建设，规范运行秩序。　　当然，民办高校由于办学理念、办学定位、办学规模、资本方情况等诸多因素的影响，组织管理的问题实际上没有一个可以直接借鉴的标准化模式。组织结构的集群与分权、组织结构的设计以及组织管理模式的设置与运行都要根据各学校的实际情况，参酌学校人力资源的实际情况，进行科学合理的探索和实践。