随着经济全球化和新的科技革命时代的到来,区域创新能力正日益成为地区经济获取国际竞争优势的决定性因素和重要标志,而区域创新系统整体效率的高低则是影响一个国家和地区区域创新竞争力的重要因素。然而,区域经济发展实绩的差异表明,不同区域的创新系统在效率方面存在着重大差别。造成这种差别的重要原因是有些地区的区域创新系统存在着一种可以称之为“系统失效"的现象,即区域创新系统的主要构成要素间的协同效应未能发挥。所以,系统研究企业、政府、大学和科研机构在区域创新系统中应该承担什么样的角色、如何发挥作用、各主体间的关系如何以及对区域发展的运行影响如何,尤为重要。鉴于此,本论文以三螺旋模型为理论基础,区域创新系统从运行机理、实证分析和对策建议方面进行了深入系统的分析。在区域创新系统运行机制方面的研究。首先对区域创新主体在三螺旋理论下的角色变化和功能定位进行了分析,然后对区域创新系统的运行机理从动力机制、学习交互机制、应用传播机制和激励协调机制四个方面进行系统分析。在此研究的基础上从大学、企业和政府的角度出发建立基于三螺旋的区域创新系统创新绩效评价指标体系,并采用熵值法和数据包络分析方法建立区域创新绩效评价模型,并对山东省的区域创新绩效从省内和省外两个角度进行实证分析,根据评价结果和山东省区域创新现状提出提升山东省区域创新绩效的针对性措施。