在高等教育发展，自主办学的权利扩大的情况下，高校的内部控制显得愈发重要，不仅有利于实现高校治理能力的提升，而且有利于提升整个高校发展的能力和效率，因此内部控制在高校范围内被重视的程度日益提升。现如今高等学校的内部控制在人们心里的地位不断提高,在2012年底财政部颁布了《行政事业单位内部控制规范(试行)》这一内控规范，这一规范的实施对建立健全高校的内部控制体系、提高学校办学的整体水平具有一定的推动作用。至今，《规范》正式施行已经有两年多，但是这个文件落实效果不尽理想，在我国有许多高校并没有真正的在内部控制的实际工作中落实。及时发现内控问题并及时解决该问题，对于大大提高高等学校内部控制的实施效率，优化高等学校内部控制体系，使高校内控更加合理具有重要意义。　　针对目前我国高校内部控制体系还并不完善，有关高等学校内部控制的理论不足，不能满足现实高校管理中需要的现状，该文章梳理了有关内部控制的一些理论成果，归纳出内部控制的特征和现状，为在文章中构建高等学校内部控制理论体系打下了基础，该文章还在对内部控制系统的要素进行划分的基础上，对体系框架进行了尝试性的构建，并且利用模型对高等学校内部控制体系进行了实证研究，以期对该体系效果进行评价，根据所得结果得出结论，针对性的给出了建议，这对现实中高等学校内部控制体系的完善具有实际意义。