小金海棠（Malus xiaojinensis Cheng et Jiang）具有多种抗逆特性，是全球范围内筛选出的第一个抗缺铁黄叶病的苹果基因型，对苹果潜隐病毒也有较强的抗性，是苹果属（Malus Miller）植物中一种极珍贵的野生种质资源。山荆子（Malus baccata Borkh．）是中国苹果生产中最重要的砧木资源之一，但也是苹果属植物中极易发生缺铁黄叶病的种类。利用上述两种资源的优良基因开展苹果砧木育种，对中国的苹果生产以及苹果属植物种质资源的研究与持续利用都具有重要的理论和实践价值。由于小金海棠具有无融合生殖特性，早期准确、快速、有效地鉴定其F₁代杂种实生苗对于以杂交育种手段研究利用其众多抗逆基因具有重要意义。RAPD技术是现有鉴定果树杂种实生苗最为简单、快速和有效的分子标记技术，但RAPD技术本身存在一定的不稳定性。为了建立用现代分子标记鉴定苹果杂种实生苗的方法，在本论文中我们对小金海棠和山荆子F₁代杂交实生苗79个单株进行了RAPD分析，并用SSR标记对RAPD标记的初步鉴定结果进行了进一步的验证。同时，我们对用分子标记鉴定出的杂种实生苗的叶片形态进行了观察分析。研究结果表明。（1）RAPD标记初步鉴定出的杂种实生苗有72.2％得到SSR标记的证实。（2）“叠加”、“新带”和RAPD标记特异位点数是利用RAPD标记鉴定小金海棠F₁代杂种实生苗的可靠信息。（3）利用“叠加”和“新带”两种RAPD带型时，只要RAPD标记特异位点数≥12时三者结合运用就可以为小金海棠F₁代杂种实生苗提供可靠的鉴定依据。（4）利用叶片形态特征难于对小金海棠与山荆子的杂种实生苗进行早期的准确鉴定。（5）本研究共获得经过RAPD和SSR分子标记证实的13株的杂种实生苗。这些杂种新材料既是苹果砧木育种的原始材料，也可以通过进一步鉴定成为栽培苹果的优良砧木。我们的研究为开发利用我国珍贵的苹果资源小金海棠以及利用分子标记技术早期快速鉴定苹果杂种实生苗提供了有用的信息和新的依据。