作为基层民主的主要组成部分,村民自治与农村基层政权两者之间具有密切的联系。由于农村既是自治体,又是行政管理对象,这就决定了乡镇基层政权管理的事务与村民自治事务可能同时发生,并需要乡镇基层政权和村民自治组织共同处理。所以在分权明晰化的同时,乡镇基层政权与村民自治组织在具体工作中会出现你中有我,我中有你的情况,彼此之间很难划清界限。有的事务主要由乡镇政权承担,有的事务主要由村民自治组织承担,有的则由两者共同承担。因此,乡镇基层政权与村民自治组织在合作过程中,必须将各自的权限、职责、关系以法律法规的形式加以明确,做到乡镇基层政权依法行政,村民自治组织依法自治。本文从村民自治与乡镇政权两者的关系展开，通过对乡镇政府在农村中的地位和作用来论述二者如何相得益彰，从讲述村民自治的发展特点和乡镇政权改革现状找出问题，指出要想深入发展村民自治，就必须让乡镇政府充当“指导者”的角色，其中最关键的是大力发展农村生产力、加大农村基础设施建设、镇政权应建立各项制度,注意内部制度创新，改变工作作风和工作方法，加强民主监督，强化村委会职能不断促进我国的村民自治。同时，村民自治的发展，必将推动乡镇政务公开，改变旧的管理体制，随着以村促乡，以乡代村、乡村互动的格局的形成，农村基层民主政治的步伐将继续朝前迈进。