自然保护区是当代人类为保护自然环境和自然资源，应对日益加剧的生态恶化而采取有效措施的产物，是体现人与自然和谐发展最具体最直接的场所。我国的自然保护区是在强大的人口资源压力和抢救性保护政策导向下才迅速发展起来的，面临着数量与质量、保护与利用以及如何有效实施规范管理等突出的矛盾。当前，保护区建设管理中遇到的最大问题是资金投入的严重不足，表现在保护区建设管理经费主要依靠政府的纵向财政拨款之外，其他途径的资金来源微乎其微。自然保护区生态公益林的补偿也存在相应的情况，究其原因，是因为自始就缺乏一套完整、科学的生态补偿机制。生态补偿机制，作为调动生态建设者的积极性，促进环境保护的利益驱动机制、激励机制和协调机制被引入到自然保护区的建设对于解决资金投入不足、周边居民生存问题，保护区内一些项目带来的生态损害都具有一定的积极意义。　　 根据全国主体功能区规划编制方案的基本精神，自然保护区被界定为禁止开发区域，因此，构建自然保护区生态补偿机制必须结合当前主体功能区规划方案的实施，这是实施生态补偿的基础。基于此，对自然保护区生态补偿体制的进一步研究才有科学的前提依据。　　 本文是以生态环境价值论、公共物品理论、外部性理论、可持续发展理论为基础，采用文献检索和个案分析法、比较和解释法、归纳加工法相结合的方法进行研究。以广东省自然保护区的实地调研为主要形式，分析自然保护区生态补偿机制对于自然保护区建设发展所起的重要作用，以广东省生态公益林的生态补偿为主要研究对象，同时对自然保护区存在的其他生态补偿机制进行阐述和说明，借鉴国内外自然保护区生态补偿经验，为构建科学、合理、行之有效的自然保护区生态补偿机制，提出合理的政策安排建议。　　 本论文在对广东省自然保护区实际调研的基础上，以广东省自然保护区生态公益林补偿为生态补偿案例进行研究，得出自然保护区现有的生态公益林补偿存在问题主要有：补偿标准单一、补偿金额低；补偿范围划定不合理；补偿金来源主要依靠政府拨款，没有引入市场化机制；没有形成合理的补偿金监管体系。并就如何解决提出建议，自然保护区生态公益林补偿仅仅是自然保护区生态补偿的一部分，结合自然保护区生态公益林补偿存在问题，提出自然保护区生态补偿机制的基础机制、辅助机制、对周边居民的“造血式”生态补偿机制。“造血式”生态补偿机制，提高居民的“自养”能力，激发保护区管理机构和居民共建保护区的热情，最后提出完善自然保护区生态补偿机制的政策建议。　　 对于完善自然保护区生态补偿机制有如下几点建议：一是生态补偿要遵循分步推进的原则；二是提高对保护区生态补偿机制的认识：三是逐步建立健全保护区生态补偿立法；四是继续加大政府公共预算投入，完善财政支付转移；五是引导多层次的生态补偿融资渠道，引入市场机制；六是建立保护区补偿资金的使用与管理监督机制；七是建立保护区生态补偿的考核目标和标准；八是生态补偿总体设计与试点示范相结合，九是有条件逐步赎买保护区土地，最终收归国有。