鸡传染性支气管炎(Infectious Bronchitis,IB)是由鸡传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis virus,IBV)引起的一种急性、高度接触性呼吸道病,主要侵害鸡的呼吸系统、泌尿生殖系统和消化系统。以临床症状复杂、病理变化多、血清型多和容易发生变异等为特征,是一种生产意义巨大、影响广泛的传染性疫病。IBV目前有20多个血清型,不同血清型之间缺乏交叉保护,但中和试验十分繁琐,从而给本病的诊断和防治带来困难。分子克隆测序是进行IBV分子病原研究的重要手段,通过生物信息学比较,可以快速了解IBV不同病毒之间、不同基因的演化趋势。本论文结合1992-2008年间从山东乃至全国分离鉴定的IBV毒株,在进行抗原性和致病性研究的基础上,对17株IBV毒株分别进行了S1基因和N基因的克隆测序。选取GenBank中具有代表意义的50多株参考株(含疫苗株),结合我们所测定的序列,分别进行核苷酸和氨基酸同源比较,进而分析探讨IBV S1和N基因之间遗传变异的相关性及其全长与片段遗传变异的相关性。结果表明:S1基因和N基因之间的遗传变异均具有多样性。与常规疫苗株和国外参考株相比,无论是核苷酸还是氨基酸均发生了较大的变异。以S1基因为例,17株IBV流行株仅有一株与疫苗株(H120)同源,比例较低(占5.88%);与H120的nt/aa同源性均低于80%。不同IBV毒株S1基因片段与其全长之间遗传变异高度相关(r=0.963);N基因呈现出与S1基因同样的规律性(r=0.976)!不同IBV毒株S1基因和N基因全长之间遗传变异高度相关(r=0.645),显示出S1基因和N基因之间的遗传变异既具有同步性,又具有一定的独立性!此外,IBV流行株与疫苗株的遗传距离,无论在S1基因还是N基因,愈来愈远,彰显出IBV流行株在H120的免疫压力下,已经发生了较大程度的变异。根据IBV流行株S1基因和N基因的核苷酸同源性,按病毒发生的年代和地域以及致病性,初步将S1基因和N基因分为6种基因型。比较发现:S1或N基因的分型结果十分相似。对同时具有S1和N基因的40株IBV毒株的分型结果比较显示:符合率75%(30/40),而差异仅25%(10/40),其分型差异最明显的是从2000年以来的IBV分离株,13株中有6株分型结果不一致,符合率仅仅53.8%,显示出S基因和N基因的遗传变异的多样性和复杂性,同时发现部分IBV毒株间可能存在重组。