当前，经济出现信息化、知识化、全球化和区域化等特征，区域经济发展也面临着新的挑战和机遇。传统经济活动中以自然资源为基础的区位优势逐渐淡化，代之而起的是知识基础上的新竞争。在新的时代背景中，区域创新能力正日益成为区域经济获取国际竞争优势的决定性因素，构建区域创新系统也已经成为各区域实现新世纪快速发展的战略选择。因此，对区域创新效率的评价现实意义重大，它可以指导我们更好地促进区域创新系统的建设，可以引导区域政府的政策方向更加适合于区域经济的发展，可以确保区域创新活动顺利开展。本文基于这样的一个目的，对区域创新效率的相关理论和区域创新效率评价系统及模型进行了研究和探讨。 本文结合区域创新系统资源配置的实际情况，探索性的建立起了一套综合考虑创新财力投入与人力投入、创新直接产出与间接产出的区域创新效率评价指标体系，并针对数据包络分析方法的运用实际，通过相关分析和指标甄选对指标体系进行了优化，使得指标体系既能较全面地描述创新系统投入产出状态，又能通过评价获得较多的创新效率的差异信息。 本文将数据包络分析方法应用到区域创新效率评价中，根据数据包络分析方法的C<2>R模型与C<2>GS<2>模型，构建了区域创新效率评价系统。该系统从创新综合效率、技术效率和规模效率的角度对区域创新效率进行了综合评价与效率缺失的分析；通过引入理想决策单元改进了数据包络分析方法，实现了对区域创新效率的完全排序；从创新系统的投入冗余和产出不足两方面描述了系统资源配置的非有效状态，指出了提升创新绩效的关键因素及创新资源的改进目标值，为创新系统的优化指明了方向。 论文还以31个省、自治区、直辖市的科技及经济统计数据为样本，对区域创新效率评价系统进行了应用研究，比较了我国各地区创新系统之间创新效率的差异，有针对性地提出了提升创新效率的建议，同时也验证了评价模型的效果。