本文以创新型工程人才本科课程体系的构建为研究对象，从课程体系的目标、课程选择与组织、评价与优化三方面入手，综合运用教育理论与系统工程理论，采用定性分析与定量分析相结合的研究方法，对创新型工程人才本科课程体系的构建问题进行了系统研究。首先，结合对国内外高等工程教育改革和发展情况的分析，提出了构建新型高等工程教育课程体系的初步设想。随后，介绍了培养目标确立的基本原则和方法。结合工程教育的利益相关者分析，和对国外工程教育专业认证标准的研究，提出了“工程创新人才基本要求大纲”（Engineering Innovation-QualityAbility andKnowledge Compendium，EI-QAKC）。采用基于多维尺度分析（MDS）的目标筛选法和专家咨询法，确定了大纲要素，并采取调查问卷的方式，对大纲要素进行了重要性分析，对比了企业和学校在大纲要素重要性认识上的差异度。其次，介绍了课程选择的原则和步骤以及课程组织的向度和原则。引入系统工程理论，提出了创新型工程人才本科课程体系的“霍尔三维结构”模型和基于该模型二维截面图的形象化课程设计与管理方法。运用“并行工程(CE)”理论对创新型工程人才本科课程体系的构建进行了分析，介绍了高等工程教育综合化课程组织方法。然后，应用此方法构建了基于“并行工程”理论的高等工程教育综合化课程框架（CE Based Integrative Curriculum Frame of Engineering Education,CE-ICFEE）。最后，介绍了课程体系评价的内涵和主要步骤。引入控制论思想，提出了“工程教育课程体系优化控制模型(The Optimization Control Model of EngineeringEducation Curriculum, OCM-EEC)”，建立了具有三级反馈路径和两个控制节点的工程教育课程体系优化控制机制。结合实例，运用课程体系与培养目标的交互影响分析方法对课程体系进行优化，提出了课程选择的优先级指数CSPI、要素实现性指数P以及课程时序指数R，根据对这些指数的分析，结合基于“并行工程”理论的高等工程教育综合化课程框架（CE-ICFEE），对实例进行了优化，提出了具体的优化方案和建议。