论文部分内容阅读
研究背景：口咽癌(Oropharyngeal Squamous Cell Carcinoma, OPSCC)是头颈部常见的恶性肿瘤。近年来,人乳头状瘤病毒(Human Papilloma Virus, HPV)感染,被认为是除吸烟和饮酒外另一个重要的致病因素。临床研究发现感染HPV与未感染HPV的OPSCC患者的临床特征和预后不同。国际癌症研究机构的研究表明HPV感染的OPSCC患者可进一步细分为HPV激活组和HPV未激活组,前者明显较后者及HPV阴性口咽癌患者预后好。HPV在口咽癌的致病机理仍未被阐明。研究目的：分析HPV激活、HPV未激活和HPV阴性三种OPSCC的基因芯片数据。结合基因芯片数据和蛋白质数据库,构建并分析三种OPSCC蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-Protein Interaction, PPI)网络。研究方法：1、使用R程序的Limma数据包将HPV激活、HPV未激活和HPV阴性三种OPSCC与正常口咽组织的基因芯片数据分别进行比较,获取三组的差异性表达基因(Differentially Expressed Genes, DEGs),并进行GO (Gene Ontology)分析和KEGG通路分析。2、合并HPRD、 MINT、 BioGRID三大蛋白质数据库中的蛋白质交互作用(Protein-Protein Interaction, PPI)数据,制作PPI数据库。3、根据三组DEGs信息,结合PPI数据库信息,构造三种OPSCC相对应的蛋白质交互作用网络,使用ClusterOne进行聚类分析。研究结果：1、与正常口咽组织的基因芯片相比,HPV激活组有184个基因,HPV未激活组有482个基因,HPV阴性组有543个基因存在显著的差异性表达。三组DEGs的功能分析提示这些DEGs均集中在“上皮发育”、“上皮分化”、“细胞黏附”、“生物黏附”、“胞外基质”、“细胞因子活性”等条目上。2、三种OPSCC相对应的PPI网络被建立。对其进行聚类分析后发现,COL1A1是三张网络共同的热点蛋白,UBC及CEACAMs是HPV未激活和HPV阴性OPSCC的PPI网络的热点蛋白。研究结论：1、上皮发育分化、细胞黏附、胞外基质改变及细胞因子紊乱在OPSCC发生发展中可能起到重要作用。2、同HPV激活OPSCC相比,HPV未激活与HPV阴性OPSCC有更多相似的分子生物学标记物。3、COL1A1可能是OPSCC的重要生物标记物,UBC及CEACAMs可能是HPV未激活和HPV阴性OPSCC的重要生物标记物。