基于全转录组测序的Vogt-小柳原田综合征circRNA、miRNA和mRNA表达谱综合分析

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背景:Vogt-小柳原田综合征(VKH)是一种以双眼肉芽肿性葡萄膜炎为特征的自身免疫性疾病,常伴有皮肤及毛发异常、脑膜刺激征、听觉功能障碍等症状。以往研究表明,环状RNA(circ RNA)在许多生物学过程中发挥重要作用,并且与自身免疫性疾病密切相关,然而,它们在VKH疾病中的作用尚不清楚。目的:本研究旨在探究VKH疾病的m RNA、mi RNA和circ RNA表达谱以及circ RNA在VKH发病机制中的作用。方法:利用全转录组测序(RNA-seq)技术获得4名VKH患者和3名健康对照者的CD4+T细胞circ RNA、mi RNA和m RNA表达谱。对差异表达显著的circ RNA和m RNA进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,对所有m RNA进行基因富集分析(GSEA)。基于筛选的免疫相关基因,利用mi RANDA程序预测和构建包含circ RNA、mi RNA和m RNA的竞争性内源性RNA(ce RNA)网络。此外,利用实时定量聚合酶链反应(RT-q PCR)验证挑选的10个差异表达的m RNA(LAT、ZAP70、ITK、ICOS、RASGRP1、PAG1、PLCG1、PRKCQ、LCK、CARD11)和5个差异表达的circ RNA(hsa_circ_0033144、hsa_circ_0000233、hsa_circ_0000396、hsa_circ_0001924、hsa_circ_0001320)。结果:根据筛选标准|log2(fold-change)|>1且p<0.05,在健康对照组和VKH患者组之间筛选到451个差异表达的circ RNA(165个上调和286个下调),433个差异表达的mi RNA(182个上调和251个下调)和5088个m RNA(2289个上调和2799个下调)。功能富集与通路分析提示炎症反应、适应性免疫反应、Th1和Th2细胞分化、Th17细胞分化、NF-kappa B信号通路和T细胞受体信号通路等与VKH疾病密切相关。RT-q PCR的结果与RNA-seq数据趋势一致。进一步分析表明,hsa_circ_0001320和hsa_circ_0001924有潜力成为VKH疾病的生物标记基因和相关治疗靶点。结论:研究结果表明,circ RNA和其参与的ce RNA调控网络可能在VKH疾病的病理生理过程中具有重要的免疫调节功能,这为该疾病的潜在机制提供了新的见解。
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