猪睾丸组织的miRNA表达谱分析

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MicroRNAs (miRNAs)是一类长约22 nt、单链、高度保守、内源性、非编码的小RNA分子,在真核生物中广泛存在,主要通过与靶基因mRNA3’非编码区互补结合来抑制表达或使其降解,进而在转录后调控基因的表达。研究表明,有大量的miRNA偏向于在睾丸和生殖细胞中表达,并且在性成熟前与性成熟睾丸中的表达模式也不同,这也暗示了miRNA在睾丸和生殖细胞中的重要作用。同时,猪也是一种重要的农业经济动物和医学研究模型,并且高通量测序技术可以准确、快速、批量地检测样本的miRNA,所以,选择用高通量测序的技术分析猪睾丸组织性成熟前后的miRNA表达谱并比较分析,以探究miRNA在睾丸发育和生精调控中的重要作用,揭示miRNA在哺乳动物生精过程中的调控机制和促进不育的治疗。于是,本实验利用高通量测序的技术,分别构建了性成熟前和性成熟两个不同时期的猪睾丸组织的miRNAs表达谱,分析不同时期miRNA表达谱的特点并进行比较,主要研究结果如下:1.用高通量测序的方法,本实验成功构建了猪性成熟前(20天)和性成熟(210天)睾丸组织的miRNA表达谱,共获得了超过20M的高质量的序列(reads);2.共检测到834个成熟体microRNA (miRNA),对应609个前体microRNA (Pre-miRNA)。其中,396个miRNAs(228个pre-miRNA)是猪已知的,65个(49个pre-miRNA)是哺乳动物保守的,还有373个新预测的候选miRNAs(332个pre-miRNA);3.猪睾丸组织在两个阶段的miRNA表达谱,都表现出小数种类的miRNA高表达,并占据该时期表达谱中半数以上的表达量。表达量最高的前10个miRNA,在性成熟前和性成熟的睾丸组织中分别占到了各自表达谱的58.88%和77.52%。4.在461个猪已知/保守的miRNA中,有334个miRNA的表达量在性成熟前后间具有统计学差异,表现为其中的228个在性成熟前的睾丸组织中显著上调表达,另外106个在性成熟的睾丸组织中显著上调表达;5.用差异表达的miRNA预测得到3118个靶基因,并提交DAVID进行靶基因GO和Pathway富集性分析。结果显示,这些靶基因富集于“生物合成调控”、“磷酸代谢过程”、“对激素的响应”等过程,和‘’MAPK"、"Wnt"、"GnRH"等与生精过程密切相关的信号通路;6.将检测到的miRNAs和差异表达的miRNAs定位到染色体,结果发现X染色体拥有比常染色体更多的1niRNAs(55,11.93%)和差异表达的miRNAs(43,12.87%)。并且,从中筛选出了18个在性成熟前与性成熟的睾丸间差异表达,且高表达的miRNAs,其中有13个在性成熟前的睾丸中高表达,另外5个在性成熟的睾丸中高表达。并且,这些与X染色体连锁的差异miRNAs,已有研究证实在睾丸发育和生精调控过程中具有重要作用;综合表明,miRNAs广泛地参与生精调控,睾丸组织miRNA表达谱的完善和差异miRNA的筛选将有助于进一步地解释哺乳动物生精调控的机制。
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