论文部分内容阅读
本论文以感染人的人蛔虫和感染猪并引起较大经济损失的猪蛔虫为研究对象,开展对人蛔虫与猪蛔虫的遗传变异及两者关系的研究,这对蛔虫病的防控具有重要意义。
本研究的第一部分对人蛔虫与猪蛔虫的核糖体内转录间隔区(ITS1)和基因间隔区(IGS)进行了核苷酸序列差异和多态性研究。以来自我国山东、宁夏、广东湛江的人蛔虫和广东四个地区的猪蛔虫为研究对象,通过对ITS1 rDNA序列进行分析,以期找到人蛔虫与猪蛔虫的分子分类学、种群遗传关系遗传标记,并与GenBank(TM)上已经发表的人蛔虫与猪蛔虫相应序列进行比较分析,为人蛔虫与猪蛔虫两者的关系提供了进一步的分子遗传学依据;并且首次报道了猪蛔虫的IGS rDNA序列,并与GenBankTM上已发表的人蛔虫IGS rDNA序列进行了种系发育关系分析,进一步阐述人蛔虫与猪蛔虫之间的关系。
本论文第一节以线虫的保守引物进行PCR扩增,测序后获得了人蛔虫与猪蛔虫的ITS1 rDNA序列并对它们进行序列分析。发现它们有两个统一的变异位点,一个是在位点133(G to C or A),另一个是在位点248(A to T)。可见,这两个位点可作为区分人蛔虫与猪蛔虫的ITS1序列的遗传标记位点。序列分析还发现人蛔虫与猪蛔虫的差异率较小,且与它们各自的种内差异率接近,结合内转录间隔区种内差异较小,种间差异明显的特点,推测人蛔虫与猪蛔虫是同一个种。
本论文第二节测定和分析了人蛔虫与猪蛔虫的基因间隔区(IGS)序列,所测序列在975 bp~996 bp之间,包括部分28S序列,其保守性很好,相似率在99.1%~100%:而后半部分的IGS rDNA序列差异性比较大,相似率在81.3%~99.8%。人蛔虫和猪蛔虫样品同GenBank(TM)上已发表的人蛔虫IGS rDNA序列进行比较,差异率接近20%。可见,不管是人蛔虫之间,猪蛔虫之间,还是他们两者进行一起比较,相似率都很接近。此外,将代表性样品序列进行比较分析,发现所有样品都有一些相同的较短的重复结构,且还有一些共同变异位点。以上结果提示人蛔虫与猪蛔虫是同一个种。
本研究的第二部分利用PCR扩增了cox3和nad5的部分基因序列(peox3和pnad5),并对阳性扩增子产物进行了直接序列测定。序列分析结果表明,人蛔虫与猪蛔虫的pcox3和pna的变异率分别为0.4~0.8%、0.0%~3.0%和0.2%~0.6%、0.0%~2.4%;把它们一起进行比较发现pcox3和pnad5的变异率分别为0.2%~3.0%和0.0%~2.6%。可见人蛔虫与猪蛔虫的差异率比较接近,线粒体cox3比nad6基因进化略快。而与其他蛔虫进行比较,人蛔虫和猪蛔虫的pcox3与pnad5都表现差异率甚大。进一步对基因序列进行分析,结果显示他们的pcox3和pnad5的没有一致的共同变异位点。以上分析结果也支持人蛔虫与猪蛔虫就是同一个种。
本研究的第三部分对我国人蛔虫与猪蛔虫的线粒体全基因组序列进行了研究。以长PCR方法扩增了人蛔虫与猪蛔虫的线粒体全基因组DNA,PCR产物经克隆转化和测序,获得了两者的线粒体基因组DNA全序列,长度分别为14303 bp和14311 bp。线粒体全基因组DNA包括12个蛋白编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因,和其他线虫一样缺乏atp8基因。与已发表的猪蛔虫(美国)线粒体全基因组DNA序列进行比较,得到的人蛔虫与猪蛔虫线粒体全基因组DNA的12个蛋白质基因的相似性分别在96.6%~99.5%和96.7%~100%。基于线粒体全基因组DNA蛋白编码基因的氨基酸序列,利用NJ、MP和ML法对人蛔虫与猪蛔虫及其它10种线虫进行了系统发育关系重建。MP、NJ法显示猪蛔虫(中国)与己发表的猪蛔虫(美国)比人蛔虫关系更近,但是ML建树后显示猪蛔虫(中国)与人蛔虫更为相近。三种进化支分别显示在蛔科中,人蛔虫与猪蛔虫在同一个分支中,这三种方法都支持人蛔虫与猪蛔虫是同一个种,但是不能很好的说明人蛔虫与猪蛔虫是不同的基因型。
综上所述,本研究分别从我国人蛔虫与猪蛔虫的ITS1 rDNA、IGS rDNA、线粒体部分基因及线粒体全基因组DNA对我国人蛔虫与猪蛔虫遗传变异及种群结构进行了研究。研究结果从四个方面都支持人蛔虫与猪蛔虫是同一个种。