目前,认罪认罚从宽制度仍然处于需要不断完善的阶段。现行相关规定在认罪认罚的认定、裁量规则等方面做了较明确的规定,但对于被告人在认罪认罚后如何行使上诉权的问题没有充分规定。2019年出台的《关于适用认罪认罚从宽制度的指导意见》（以下简称“《意见》”）中仅仅对适用速裁程序案件中的部分上诉情形进行了规定,对于速裁程序中以其他原因进行的上诉以及适用其他程序审理后进行的上诉,《意见》并没有进行说明。这也导致在实践中各地方司法机关的处理存在一定的混乱,影响了司法的公信力。此外,我国学术界对该问题的处理也存在一定的分歧,有必要加以深入探讨。通过选取江苏省、上海市、浙江省共300份裁判文书,对认罪认罚案件中被告人的上诉现状进行分析得出,在司法实践中,认罪认罚案件中被告人会因案件事实、证据、量刑等一系列问题提起上诉。被告人上诉因理由不同可区分为反悔型上诉、投机型上诉和留所服刑型上诉。但是缺乏合理的上诉理由审查机制,检察机关在办理这三类上诉案件时方式单一。这种不加以区分的处置方式会导致认罪认罚案件中被告人的上诉权受到实质性限制,甚至会导致具有正当上诉理由的被告人权利受到损害。本文通过对认罪认罚案件中被告人行使上诉权进行法理分析,探讨对被告人上诉权的处置。为充分保障认罪认罚案件中,拥有正当上诉理由的被告人的上诉权,同时为了防止其他情形下被告人上诉权滥用,本文认为应当对上诉理由进行区分,对三种类型的上诉进行不同的处置。对于反悔型上诉中具备正当上诉理由的不应该抗诉;对于上诉理由不正当以及投机型上诉应一律抗诉;对于留所服刑型上诉原则上不抗诉。