秦岭细鳞鲑（Brachymystax lenok tsinlingensis）为陆封于秦岭山溪涧的冷水种类，属国家Ⅱ级保护野生动物。受现存数量和海拔高度的限制，样品的采集比较困难。因此其生物学特征和遗传多样性方面的研究非常有限，秦岭亚种的分类仍存在争议。本文以陕西省境内洋县酉水河、周至黑河、陇县千河和太白县太白河等水域的秦岭细鳞鲑野生群体为研究对象，通过生物学方法研究其形态特征及消化系统的显微和超微结构；通过FIASCO法首次开发其微卫星标记，并以此分析秦岭南北四个群体的遗传多样性；利用PCR直接测序和步移法（Primer walking）测定mtDNA全序列并分析其结构特征，同时构建了鲑科鱼类系统进化树，以mtDNA控制区序列分析了群体的遗传变异。以期为种质资源的有效保护和人工养殖提供理论依据。具体获得以下结果：1.生物学特征：分析了洋县酉水河秦岭细鳞鲑群体，其年龄由1-4龄组成，体全长范围136~280mm，体重范围22.9~214g。雌雄比例为1:1.38（χ2=2.362, P>0.05）。所采集样本头部及体侧有一定数目的梅花状圆斑，体侧具不规则的红斑，上下颌、犁骨、腭骨、舌上均有向内倾斜的小齿。有一颌骨包裹在上下颌之间的隔膜上，可移动90度。体长和体质量关系式W=1.97×10-5L2.8686（r2=0.9194, n=100），幂指数“b”与“3”（t=0.64<t0.05=1.96），无明显差异，表现为匀速生长。Von Bertalanffy生长方程为：Lt=759.2[1-e-0.143(t+0.51)]，Wt=4408.31[1-e-0.143(t+0.51)]。2.消化道结构：消化道包括黏膜层、黏膜下层、肌层和浆膜四层结构。食道黏膜由未分化的黏液细胞和覆层鳞状上皮细胞组成。“U”型胃被分为贲门部、胃体部和幽门部组成，贲门部和胃体部的黏膜下层可见大量的胃腺，幽门部无。肠道盘曲较少，黏膜层为单层柱状细胞，表面分布大量微绒毛。肠道内皮有大量的杯状细胞。指状的幽门盲囊位于肠道前端，数量范围为62～78（平均值67）。电镜观察结果，胃壁有大量腺细胞和黏液细胞，腺细胞中有成熟的微泡系统、大量的胃蛋白酶原、线粒体和高尔基体。肠道吸收细胞具大量微绒毛，肠内含线粒体、溶酶体和大量的杯状细胞颗粒。幽门盲囊可见高密度的脂肪粒，其功能与脂肪的吸收有关。肠道系数为0.607±0.064。3.微卫星标记开发：筛选了176个含有微卫星片段的序列（占所测序列的85.4%）。基于序列侧翼的特点，设计并合成58对微卫星引物，对混合群体进行电泳验证，其中25对引物表现出多态性。这25对引物扩增位点每个座位的等位基因数在3～9之间，期望杂合度（He）的范围为0.3483~0.8992，观测杂合度（Ho）为0.4183~0.8831。经多态性检测证实25对引物有良好的多态性，可用于后续不同群体遗传多样性检测。4.微卫星标记分析群体的遗传多样性：用11对微卫星标记引物分析了酉水河、太白河、石头河和咸宜河群体的遗传多样性。共检测到59个等位基因，各位点的等位基因数（Na）变化范围是3～8，群体的观测杂合度在0.4814～0.6999之间，期望杂合度变化范围是0.6421～0.6980。从变异贡献率来看，有88.98%的遗传变异是来自于群体内个体间的差异，只有11.02%变异来自群体之间。在Hardy-Weinberg平衡条件下，进行P检验，发现各有2、1、2和3个群体位点发生平衡偏离。通过LBD计算四个群体之间的遗传分化与地理距离之间无明显的相关性。经过UPGMA聚类，发现酉水河群体与太白河群体亲缘关系较近，再与石头河群体聚在一起，咸宜河群体与三者关系最远。5. mtDNA结构分析和进化树构建：线粒体基因排列顺序与已知鲑科鱼类一致，其中碱基含量组成：A4700bp （28.2%）、T4449bp（26.7%）、C4783bp（28.7%）、G2733bp（16.4%）。13个蛋白质编码基因全长为11431bp，均以ATG作为起始密码子，终止密码子有TAA、TGA、TAG和不完全T。控制区由中央保守区、终止序列区（TAS）和保守序列区（CSB）三个部分以及一个T-type单核苷酸微卫星序列区和82bp的串联重复序列组成，三个区域由CSB-F和CSB1作为三个区的分界线。基于蛋白编码基因和SrRNA数据集构建进化树，系统发育分析细鳞鲑属和哲罗鲑亲缘关系最近，位于鲑科分支的根部。秦岭细鳞鲑和细鳞鲑蛋白质编码基因数据集的遗传距离为0.21，序列差异为2.1%，推断隔离时间大约为210万年前，两者之间分化程度已达到种间水平。6.控制区序列分析群体遗传变异；以mtDNA控制区序列结构分析四个群体（大剪沟、酉水河、千河和黑河）间的遗传变异。不同群体间或群体内存在控制区长度的异质性。53条序列有18个变异位点。碱基的转换和颠换的比例(R)为1.58。DNAsp软件分析，其中核苷酸多样性Pi为0.00228，单倍型多样性频率为0.598。秦岭南麓的酉水河群体具高的单倍型多样性（h=0.7279），大箭沟群体具高核苷酸多样性（π=0.0032）。单因子方差分析表明，26.2%的变异在不同群体之间，而73.98%的分子变异发生在群体内，说明群体间的分化程度不高。中性检验中Tajima’s D值为-1.3175（P>0.05），歧点分布（Mismatch-distribution）分析图谱呈现多峰型，表明均未发生明显的种群扩张。秦岭细鳞鲑群体有严重小型化趋势。秦岭南北种类之间有一定的分化，秦岭南麓群体有较好适应性特征。群体多样性中等，但仍然要保护其野生资源，防止因数量减少而导致多样性下降。