克里米亚—刚果出血热病毒定量检测、基因组测序与生物信息学分析及病毒样颗粒的制备

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克里米亚-刚果出血热病毒(CCHF)是一种世界范围内广泛流行的烈性的蜱传虫媒病毒。1965年在我国新疆巴楚首次发现后,曾数次局部暴发流行。为了明确该病毒在我国的流行规律,同时建立该病毒的假病毒平台,本文从以下几个方面开展了研究。   第一章以综述的形式介绍了克里米亚-刚果出血病毒的背景知识,主要包括克里米亚-刚果出血热病毒的发现、分类、病毒的增殖与结构特征、病毒结构蛋白的功能、病毒的致病机理与临床表现和诊断方法以及病毒的流行情况等。最后说明了本论文研究的内容和意义。   第二章建立了CCHFV的定量检测方法,利用溶解曲线对用于定量PCR的引物进行了筛选,发现S781FD和S929RD扩增产物特异性高,背景低;随后对退火温度、引物、dNTPs和探针浓度分别进行了优化,确定了其最适浓度。最后构建并比较了基于Evagreen染料和Taqman探针的实时荧光定量PCR检测的一步法和两步法,两种方法均重复性好,灵敏度高。   第三章两株CCHFV中国分离株的全序列测定通过设计简并引物,利用片段重叠的方法对两株分离自亚东璃眼蜱和长耳跳鼠的新疆病毒株进行了全基因组测序,经序列进化树分析发现中国流行株至少存在两个亚型。同时预测了Ⅱ型膜蛋白Gc的DomainⅢ、融合肽及Stem区的位点以及RdRp催化功能域中的磷酸化位点等功能结构域,有利于后续蛋白功能研究。   第四章CCHFV的进化及迁移分析利用重组分析软件对30株CCHFV基因组全序列进行了基因重排分析,发现了16个基因重排事件,且提供了可靠的统计学证据;同时证明了重排不仅存在于编码膜蛋白前体的M基因中,在编码核衣壳蛋白的S基因和编码RNA依赖的RNA聚合酶的L基因中也普遍存在。另外,以系统地理进化树为基础,分析了CCHFV在全世界范围内的迁移路径,发现南非、阿联酋、中国和土耳其为CCHFV的四大溯源地,而且西非、阿联酋在病毒的跨欧亚大陆传播中具有重要作用。此外,欧洲在地理上相对隔离,CCHFV在该地区国家内部稳定流行,同时没有统计学显著性意义的输入和输出性的迁移发生。   第五章CCHFV病毒样颗粒的构建利用杆状构建了表达CCHFV M片段的不同组分的重组病毒Ac-egfp-spPreGn和Ac-spMdef通过感染昆虫细胞Sf9后蛋白表达检测,发现Ac-egfp-spPreGn感染的细胞内能检测到Mucin、GP38和Gn,而在Ac-spMdef感染细胞内可以检测到Gn和Gc,说明了CCHFV的膜蛋白前体能够在昆虫细胞内表达和正确剪切。此外,构建了表达CCHFV S片段的重组病毒Ac-egfp-cchfvs,在感染的Sf9细胞中检测到了核衣壳蛋白的表达,并利用细胞超薄切片和电子显微镜在感染细胞内观察到了病毒样粒子的形成;通过超速离心和梯度离心分离得到了病毒粒子,最后采用负染电镜和胶体金免疫电镜等实验对其进行了验证。  
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