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恒河猴(Macaca muatta)是我国的二级保护动物,也是生物医学研究中的非人灵长类模式动物,对其野外种群遗传信息的研究可为人类提供更为准确的实验恒河猴遗传背景信息,并为恒河猴种群遗传资源的调查与保护提供一定的科学依据。恒河猴主要相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC),又称为 MamuMhc;,即恒河猴白细胞抗原,其多态性的水平对免疫功能的强弱乃至机体对环境的适应能力高低、演化潜力的大小均存在重要影响。本研究通过对西藏、贵州、云南、河南及海南五个地区野外恒河猴种群MHC-DQA1、DQB1基因第2外显子进行克隆和测序,将等位基因的分布情况及检出频率进行统计,并进行遗传分化分析,以期对各地区MHC-DQA1和MHC-DQB1基因的多态性进行初探,为中国恒河猴MHC基因进化机制的研究提供依据。研究获得结果如下:1)通过对恒河猴MHC-DQA1、DQB1基因外显子2克隆和测序,分别获得MHC-DQA1基因有效序列417条,等位基因42个;MHC-DQB1基因有效序列374条,等位基因34个。其中,31个MHC-DQA1等位基因及18个MHC-DQB1等位基因是在本研究中首次发现的新等位基因。2)恒河猴MHC-DQA1的42个等位基因序列共发现156个核苷酸变异位点以及47个氨基酸变异位点,分别占总分析位点的62.65%和58.00%;Mamu-DQB1基因的等位基因序列共存在91个核苷酸变异位点和47个氨基酸变异位点,分别占总分析位点的33.70%和53.41%。以上结果表明恒河猴DQA1、DQB1基因均存在多碱基氨基突变。此外,在恒河猴MHC-DQA1、DQB1基因外显子2中均发现有复等位基因现象及基因重组现象的存在;且等位基因在5个地区种群中的种类及检出频率均存在差异,进一步表明恒河猴MHC-DQA1、DQB1基因存在高度多态性。3)在所获得的MHC-DQA1、DQB1等位基因中均发现9个与食蟹猴或豚尾猴呈跨物种多态的等位基因;同时,在构建的系统发育树中,恒河猴与食蟹猴、豚尾猴的等位基因按照谱系而非物种聚类;此外,在对两个基因进行的选择压力分析中,其同义与非同义替换值亦相近。由此表明在恒河猴的演化过程中,平衡选择维持了其MHC的多态性。4)通过五个种群的恒河猴MHC-DQA1、DQB1基因外显子2分别进行遗传分化分析,结果表明DQA1及DQB1基因在所有种群相互间的基因流均大于1,所有地区种群间的恒河猴都存在一定的基因交流。但五个种群间的分化程度存在一定差异,其中西藏地区恒河猴种群与其他四个地区种群的分化最显著。对五个地区种群基因变异等级分析表明,两个基因均以种内变异为主。5)比较分析表明恒河猴MHC-DQA1、DQB1基因外显子2在五个地区的等位基因类型、检出频率、遗传分化情况等均存在着差异,可能是由于各海拔地区环境不同,其病原、微生物对不同位点的选择压力不同所致。