目前我国行政体系中有大量强势机构实行垂直管理。1998年中央审计机关即审计署设立了派出局，由双重领导改为垂直领导，而基层审计机关依然是双重领导体制。随着我国市场经济的发展，属条条垂直管理的部门还在扩大,现行以块块管理为主的地方审计机关管理体制，已明显不适应新环境和新形势。另一方面，我国财政部提出了在全国范围内全面推进省直接管理县财政改革总体目标，“十二五”规划也强调应稳步推进扩权强县改革试点，增强县域经济发展活力。当前不少省份推行“扩权强县”乃至“省直管县”，就是要革除现行城乡分离管理体制的弊端，向城乡统筹的管理体制转型。改革地方审计机关管理体制的研究便具有了重要的理论价值和现实针对性。鉴于此，本文采取了归纳研究、比较研究、访谈调研和统计分析等方法，理论联系实际，在借鉴前人研究成果和符合自身国情的前提下，以现行地方审计机关的管理体制为切入点，立足于现阶段的政府审计环境。本文引入了审计利益协调理论、公共选择理论和扁平化组织理论，剖析我国地方审计管理体制现存的问题，诸如审计独立性不强、审计经费紧张、审计范围不全面、审计结果披露受限以及财政省管县带来的新问题等。随后分析了进行地方审计机关管理体制改革的必要性与可行性，改革既有利于增强审计独立性，扼制腐败滋生，强化领导干部的经济责任意识，同时也有利于适应审计环境自身的发展变化，在不削弱现行行政型审计体制的优势下付出最小的代价，实现审计管理与财政管理的对接。并提出了改革的基本目标和原则，最终选择了省以下垂直管理体制作为改革方案。为使改革更有说服力，本文选取了河南省20个县级审计机关作为调查对象进行调研，通过对地方审计机关管理体制的现实考察和访谈资料的统计分析，论证了应该实行省以下审计管理体制来增强审计独立性和审计监督力度。最后提出了实行省以下垂直管理体制的基本思路，从人员配置、经费管理、业务管辖、推行步骤等方面说明了省以下垂直管理体制应该如何实行。并对其在改革过程中应注意的问题提出了具体的建议：要发挥审计整体优势,全面挖掘审计资源,突出重点审计，密合地方政府，完善审计公开机制，开展经济责任审计和绩效审计，完善审计法规，提高整个审计队伍素质等等。