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本研究通过鸡胚接种、动物回归试验、干扰试验、血凝试验和电镜观察等手段分离鉴定了两株肾型IBV（分别命名为AH1-99株、AH2-03株）。在此基础上，为了从分子水平上了解安徽省IBV地方株主要结构基因的遗传变异背景，为防制IBV提供依据，我们利用RT-PCR技术分别扩增出两分离株的S1、S2、M和N基因，并将这些基因插入到pMD18-T载体中构建了重组质粒，随后对这些基因进行了序列测定和序列分析。结果显示：S1基因由1611-1617核苷酸组成，编码537-539aa。在所有结构基因中，S1基因变异程度最大，其核苷酸的变异主要集中在基因的N-端和C－端；同时，AH2-03株在358-363nt处插入了GGGTCT六个碱基。基因内存在一个EcoR I酶切位点和3个Hae III酶切位点。S1蛋白内部存在16－18个潜在的糖基化位点，与M41、Beaudette株S1蛋白相比，分离株S1蛋白内部潜在的糖基化位点数量和位置发生了一些改变，同时其表面抗原性出现了一些变化，如在438－444aa处的抗原位点消失，而在450－457aa处出现了一个抗原性强的位点。在进化树中，两毒株S1基因处在不同的基因群中，其中AH1-99株S1基因同H52、M41、Beaudette等标准毒株以及多数国内分离株在同一个基因群内，与它们同源性为91.7%-92.2%，AH2-03株S1基因同标准毒株亲缘关系较远，而同少数国内分离株在另一个基因群内。与S1基因相比，S2基因其较为保守。S2基因的大小为1881nt，有两个终止密码子，故编码625个氨基酸。基因内部存在着碱基的缺失与插入，两分离株均在895-900nt处插入了GCGACT六个碱基，在1441-1446nt处缺失了ATTACT六个核苷酸。S2蛋白氨基酸序列中有10-11个潜在的糖基化位点，与M41、Beaudette株S2蛋白相比，分离株潜在的糖基化位点数量和位置发生了一些改变。其在第560－600位约40个氨基酸残基高度疏水，为S2蛋白与病毒囊膜结合的区段。两分离株S2基因亲缘关系很近，同源性高达96.2％，并且在S2基因系统进化树中独立形成一个基因群，而与其它参考毒株的同源性只有70.3%-88.9%。比较发现，在四个结构基因中，M基因最为保守，核苷酸同源性为87.2％－95.9％。同多数参考毒株相比较，AH2-03株在16-18nt处插入了GGA三个碱基。M蛋白由225-226个氨基酸残基组成，其内部有两个潜在的糖基化位点。分析发现，AH1-99株M基因和S1基因的进化是平行进行的。虽然两分离株核苷酸有93.4%的相似性，但是在M基因系统发生树中，两者不在同一个基因群内。同S1基因相似，AH1-99株M基因同H120、M41、Beaudette株以及多数国内分离株亲缘关系近，在同一个基因群内；而AH2-03株M基因同上述毒株亲缘关系较远，与少数国内分离株，如SAIB14、GD6-98在另一基因群内。 <WP=4>分离株N基因内无碱基的缺失与插入，同绝大多数IBV毒株一样，其大小为1230nt，编码409个氨基酸，与参考毒株N基因核苷酸同源性为85.2%-97.6%。分析显示，N蛋白大部分由亲水性氨基酸组成，富含碱性氨基酸，这些碱性氨基酸多数成簇集中在63-85aa、198-249aa、330-368aa三个保守的区域内。与M41、Beaudette株S1蛋白相比，分离株N蛋白内部磷酸化化位点的数量和位置发生了一些改变。在IBVN基因进化关系树上，分离株与Beaudette、H52、M41等标准毒株亲缘关系较远，而两毒株之间以及同国内分离株LX4、X等亲缘关系较近。