随着科学技术的飞速发展和组织间竞争的加剧,高新技术企业通过组建R&D联盟的方式来获取外部创新资源,是其赢得竞争优势和可持续发展的必然选择,同时R&D联盟作为多主体集成创新的有效方式也倍受重视。由于R&D联盟的实质就是合作研发和创新,在国家和地方大力推进自主创新的当今阶段,联盟的最高目标和努力方向就是实现自主创新,因而加强对联盟自主创新活动与过程的管理就尤为重要,它是联盟获得成功的关键,但与此同时也增加了联盟管理的复杂性和难度。本文在对国内外R&D联盟及其自主创新的研究现状进行分析、评述和梳理的基础上,分析了R&D联盟建立的动因、类型和演化特点及其自主创新的内涵、特征和影响因素,刻画了R&D联盟自主创新的过程和演化规律,并基于综合优势理论提出R&D联盟创新管理机制体系的优化思想和设计原则,构建了R&D联盟组建、运作过程和成果产出不同阶段的创新管理机制。首先,针对R&D联盟组建初期涉及的伙伴选择、模式选择与契约设计等三个基础环节,建立联盟伙伴选择指标与方法,提出联盟模式选择方法和契约设计的原则与方法；其次,针对R&D联盟企业协同创新的过程和特点,设计联盟过程管理机制,包括联盟任务分解与过程控制、创新资源协同整合和联盟的知识学习方式与策略;第三,针对R&D联盟创新产出与分配问题,构建联盟创新绩效评价指标、方法和流程,并设计联盟利益分配机制和有关方法。最后,对我国TD-SCDMA联盟进行实证研究,分析其自主创新的有关特点和机制,针对联盟自主创新机制存在的问题,提出有关对策建议。本文研究旨在为高新技术企业R&D联盟自主创新全过程管理提供理论方法支持,这对于提高我国高新技术企业R&D联盟的创新管理水平和效果以及自主创新能力具有重要的理论价值和实际意义,同时也为政府有关部门制定促进R&D联盟发展和鼓励自主创新的科技政策和规划提供参考和依据。