在我国,法庭调查程序的设计存在较强的职权主义色彩。司法实践中,审判并没有处于中心地位。这不仅表现在我国法院在组织结构中没有审判中心主义所必要的宪法权威和诉讼地位,还表现在立法者在整个刑事程序的设计上也没有把审判作为中心对待,更没有承认审判对于侦查、起诉和证据规则的广泛影响。修正后的刑事诉讼法虽然汲取了国外法治国家的优秀经验,但是,法庭调查这一阶段在制度设计上始终存在诸多问题,在改革中有些遗留问题不但没有解决,反而出现一些新问题。这显然说明,立法并未重视到法庭调查程序的重要性。对于刑事法庭调查程序所突显出来的诸多问题,不能仅仅看作是审判程序的瑕疵,而应看作是整个刑事诉讼领域固有问题的表现。法院内部高度的司法行政化左右着司法裁判的走向,带来裁判结论并没有建立在法庭调查程序的基础之上；而法庭调查程序本身又存在着被告人程序主体性权利缺失、举证和质证程序缺乏优秀内在品质、法官带有一定的追诉倾向等问题,进一步阻碍了法庭调查功能的实现。构建合理的中国法庭调查程序应以程序正义理论和刑事诉讼主体性理论作为指导并真正实施；积极推进法官独立,为法庭调查程序功能的实质发挥创造良性平台；合理规范起诉方式；尊重被告人主体地位,将讯问被告人的程序调整到法庭调查程序的最后阶段,赋予被告人不得强迫自证其罪权和沉默权,强化律师辩护权；合理设计审前会议制度,规范控辩举证方式；完善证人出庭作证制度,规范交叉询问程序；加强对法官庭外调查权的严格限制；对非法证据排除问题应由立案庭主持庭前非法证据排除的程序审查,对于非法证据排除问题的操作程序应当尽量在庭前程序解决。