自《高等教育法》颁布以来,特别是随着我国社会主义市场经济的逐步建立,我国的高等学校已经由传统的教育单位正向依法自主办学的法人实体转变,而且我国高校的外部环境和内部条件也正在发生根本性的变化。面对新的形势,高校一方面面临空前的发展机遇；另一方面,受政府财政投入不足以及高校长期低效运行等因素的影响,高校也面临着资金紧张的状况。这就要求高校自身必须依法自主理财,加强高校财务管理,提高资金使用效益,以促进和提高高等教育的运作和管理水平,这对于保证我国经济发展和科技进步都有着重大的实践意义。本文首先介绍了我国高校的资金使用效益的现状,根据对高校资金使用效益绩效主要影响因素的深入分析构建了高校资金使用效益评价的指标体系；然后分别应用C2R和BC2模型对所选取样本高校资金使用效益进行评价,分别得出了被评价样本高校的总体效率和纯技术效率；接着综述两个模型评价的结果分析并讨论各个高校的规模效率,找出各个样本高校资金使用效益的绩效问题和成因,并提出了相应的改进建议；最后,通过引入了“理想决策单元”后,克服了传统DEA方法只能得到被评价各决策单元的“相对有效性”的缺陷,解决了对各个样本高校的资金使用效益评价的排序问题。文章中主要利用主成分分析法对复杂的指标体系进行降维,然后用数据包络法分析法(DEA)对选取的24所样本高校资金使用效益进行有效性评价。在指标的分析和模型求解过程中主要用到的软件有统计软件Spss、Lindo6.0及经济软件Deap2.1。