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猪流感（Swine Influenza，SI）是由猪流感病毒（Swine Influenza virus，SIV）引起猪的一种急性、高度接触性的呼吸道传染病。1918年美国首次报道了SI的爆发，而直到二十世纪二十年代末才从猪体中分离到第一株SIV。本研究对中国河南、湖北、湖南、广东、福建、安徽等省市32份死亡猪肺样品进行病毒分离，阳性培养物与2004年分离毒株进行纯化和生物学特性研究。在此基础上，对8株SIV分离株的全基因组（包括NS、M、NA、NP、HA、PA、PB1、PB2基因）进行RT-PCR扩增、克隆和核苷酸序列测定，对核苷酸序列进行比较和分析，用MEAG（3.1）分析软件构建全基因组核苷酸遗传进化树，并对其分子流行病学及遗传演化进行分析。以SWTJ／01／04为模板表达HA蛋白，利用纯化蛋白建立检测H1亚型SIV抗体的间接ELISA方法并进行血清流行病学调查。具体结果如下：1．SI的病原学研究：2006年从32份死亡猪肺样品中分离到1株H1N1亚型SIV，1株H3N8亚型SIV和2株H5N1亚型SIV。2．SIV分离株的有限稀释克隆纯化：8株SIV进行有限稀释克隆并获得稀释克隆毒株，其HA价在1∶256～1∶1024之间。3．SIV分离株生物学特性的比较：MDT试验结果表明，8株SIV分离株中SWTJ／01／04、SWTS／01／04和SWHB／05／06对禽表现为中等致病力，其他5株对禽表现为低致病力。SW分离株的EID50差别不大，其中SWTS／01／04分离株最高，为109.0／0.2mL，其他分离株在10-7.0～10-8.5／0.2mL之间。不同毒株之间TCID50差异显著，除SWTJ／01／04分离株不具备感染MDCK细胞的能力外，其他分离株在10-2.0～10-8.5／mL之间。MLD50测定结果表明，SWTJ／01／04、SWHN／01／06、SWCB／01／04、SWAH／01／06和SWSX／01／04不致死小鼠，其他分离株的MLD50在10-4.0～10-6.0／0.1mL之间。4．血凝素热稳定性和血凝素凝集谱分析：不同地区SIV分离株的血凝素热稳定性差异较大，其中SWTJ／01／04、SWHN／01／06、SWCB／01／04、SWAH／01／06分离株表现为热稳定型，其他4株表现为热不稳定型。所有SIV分离株均能凝集鸡、豚鼠和绵羊的红细胞，其他差异表现在对猪、兔、小鼠、牛红细胞的凝集特性上。5．SIV分离株全基因组的RT-PCR扩增、克隆和核苷酸序列测定：根据E．Hoffman等关于A型流感病毒全长基因扩增通用引物的描述分别设计了一条反转录通用引物和8对特异性引物，以病毒RNA为模板，RT-PCR成功扩增了SW NS、M、NA、NP、HA、PA、PB1和PB2基因cDNA片断，将其纯化、克隆后进行序列测定，获得不同基因的核苷酸序列。6．SIV分离株全基因组核苷酸遗传进化分析：从HA核苷酸水平看，HA形成3个明显的部分，H1N1亚型分离株HA基因属于人流感病毒分枝，该枝系所有毒株的HA基因起源于A／Brevig Mission／1／1918（H1N1），并与A／Taiwan／01／86（H1N1）同源性最高。H3亚型SIV分离株属于马流感病毒分枝。H5亚型SIV分离株的HA基因与A／chicken／Hubei／327／2004（H5N1）同源性最高。从NA核苷酸序列进化树看，SWTJ／01／04和SWHN／01／06与A／Taiwan／01／86（H1N1）毒株同源性最高，H5亚型SIV分离株的NA基因均由A／chicken／Hubei／327／2004（H5N1）提供。本研究中首次从猪体内分离到H3N8亚型流感病毒，除NS和PB2基因外，其他基因均由马流感病毒提供。SWAH／01／06分离株的NS基因由A／Taiwan／01／86（H1N1）提供，PB2基因与SWSX／01／04亲缘关系最近。SWCB／01／04为其他同亚型毒株提供NA基因。7．H1亚型SIV间接ELISA方法建立：利用纯化的HA蛋白作为包被抗原建立检测H1亚型SIV抗体的间接ELISA方法。确立蛋白包被浓度为0.066 ug／孔，血清以1∶40稀释。与HI试验比较发现，敏感性、特异性和符合率分别为90.9％、80.9％和85.0％。8．间接ELISA方法在血清流行病学中的应用：从华中地区（包括湖北、湖南、安徽、江西、河南、山西等省市）收集2006年5～月临床猪血清2，029份。用间接ELISA方法检测发现，平均阳性率为23.46％。其中6、7和12月平均阳性率均超过平均值，分别为25.35％、24.92％和51.42％。华中地区以湖北、湖南和河南3省检测的抗体阳性率较高，分别为24.04％、24.24％、22.96％。总之，本研究对华中地区的血清学和病原学开展SI流行病学调查研究，证实中国猪群中存在H1、H3和H5亚型SIV的感染。通过SIV分离株全基因组全长核苷酸序列的比较，从分子水平阐明其亲缘关系及遗传进化趋势，确定SIV分离株在流感病毒系统发育进化中的地位。