由于企业价值评估及其管理对企业日益重要,越来越多的学者开始对其相关理论进行深入研究。农业公司作为传统企业,是开展农业产业化经营、调整农业产业结构、振兴农村经济、带动农业增长和农民增收的重要力量。在企业价值评估日益重要和农业公司发展日益重视的情况下,应关注农业公司价值评估,Y公司现属国家级扶贫龙头企业,具有代表性和可研究价值。本文首先对企业价值评估理论进行简要综述,然后根据农业企业行业特征,分析各种企业价值评估方法的适用性分析,得到企业价值中包含实物期权价值,传统价值评估方法难以完全反映出企业整体价值的结论。为避免传统价值评估方法的缺陷,引入实物期权法作为重要补充,构建出调整现值法和实物期权法相结合的价值评估组合模型,分别计算其现有资产价值和实物期权价值;最后以Y公司为案例,应用上述评估模型,计算其现有资产价值、实物期权价值和整体价值,并和评估基准日的股价进行比较,得出结论。研究结果表明,实物期权适用于Y公司,模型组合适用于企业整体价值评估。通过和企业股价的对比分析,结合实物期权法计算出的整体价值更为准确的反映出企业的内在价值,能够为企业投资融资、并购重组、增发股票等行为提供科学参考,向企业及其利益相关者提供准确的信息,为其决策提供科学依据,更好的推动企业的发展。