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朱鹮是世界极濒危鸟类，被称为我国的四大国宝之一。1981年在陕西洋县发现的朱鹮种群数量只有7只，目前洋县人工饲养朱鹮种群就是由这7只发展而来的。较小的群体和频繁的近交，导致朱鹮后代遗传多态性的进一步丧失，利用现代分子生物学方法对这一濒危物种遗传多态性和遗传背景进行研究，对于科学地指导朱鹮的保护和扩繁工作具有重要的意义。本研究首次利用mtDNA序列分析技术、微卫星DNA标记以及RMAPD标记技术对洋县43只人工饲养种群的遗传多态性进行了分析，其结果如下：1. 测定其中42只朱鹮的mtDNA D-loop区298 bp的序列，序列分析表明，42个个体共有4种单倍型，其中单倍型Ⅰ有9个个体，占群体的21.43％；单倍型Ⅱ有8个个体，占群体的19.05％；单倍型Ⅲ有2个个体，占群体的4.76％；单倍型Ⅳ有23个个体，占群体的54.76％。42个个体有2处发生突变，突变的形式为颠换（G?C、A?C）。提示这一朱鹮种群具有较近的母系起源，这与其祖先来自7只野生朱鹮的事实基本吻合。2. 测定了5只朱鹮的mtDNA Cyt b基因的部分序列共303 bp，没有发现突变位点。暗示朱鹮mtDNA Cyt b基因具有较强的保守性和朱鹮个体间较近的亲缘关系，也暗示了朱鹮的起源比较单一。3．将朱鹮mtDNA Cyt b基因序列与鹮科、鹳科、红鹳科、鷺科、鶴科共18个个体的mtDNA Cyt b基因进行同源序列分析，并计算了mtDNA Cyt b基因的碱基相似率和遗传距离。序列的同源分析揭示了科间mtDNA Cyt b基因序列由17种单倍型组成，朱鹮与非洲琵鹭的遗传距离最小，为0.0932；与黄苇鳽的遗传距离最大，为0.1665。利用NJ法对18个个体的mtDNA Cyt b基因序列进行聚类，结果表明朱鹮与非洲琵鹭和彩鹳具有较近的亲缘关系（分别为0.0932，0.1170～0.1249），与形态学的观察相一致。4. 利用27对其它物种的微卫星引物对43只人工饲养的朱鹮DNA进行扩增，发现只有4对微卫星引物扩增产物具有多态性，说明其它物种的微卫星引物可以用于朱鹮遗传多态性研究，但引物的通用性不强。4个基因座的平均杂合度为0.3491，平均多态信息含量为0.3036，平均有效等位基因数为1.773，均显示朱鹮人工饲养种群的遗传多态性较低。5. 本研究首次使用RMAPD技术对朱鹮人工饲养种群进行研究。实验结果表明，RMAPD的稳定性比RAPD效果好，对朱鹮群体的分析发现：RAPD的遗传多样性指数为1.474，<WP=7>而RMAPD的遗传多样性指数为3.029，明显高于RAPD。RMAPD更适合进行种内遗传多态性的分析。6. 利用RMAPD技术对43只人工饲养的朱鹮的遗传多态性分析表明，朱鹮种群平均带纹相似率为0.718，遗传多样性指数为3.664，反映出个体基因组间相似程度较高，遗传多态性较低，需要加强措施对朱鹮予以保护。