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双孢蘑菇[Agaricus bisporus（Lange）Imbach]是目前唯一的一种全球性栽培的食用菌,其产量在食用菌行业居于首位。双孢蘑菇早在1550年就起源于法国,传入中国已有80多年的历史。国外新品种的引进或栽培过程中的诱导、杂交,使得我国的双孢蘑菇品种产生了各种各样的遗传变异,丰富了其物种的遗传多样性。本研究通过对SRAP-PCR的退火温度和扩增体系中的Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶用量、dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA用量的优化,确定了适合于双孢蘑菇的SRAP-PCR扩增变温程序和扩增体系。同时通过对ISSR不同引物的退火温度和扩增体系中的Taq酶用量、dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA用量等因素的优化,确定了适合于双孢蘑菇的ISSR-PCR扩增变温程序和扩增体系。通过PCR试验,分别对56对SRAP引物、20条ISSR引物、99条RAPD引物进行初筛,筛选出了53对SRAP引物、10条ISSR引物和56条RAPD引物,它们都能扩增出了清晰稳定的DNA条带。SRAP、ISSR和RAPD三种DNA分子标记扩增位点的平均多态率分别为70.21 %、78.33 %、61.94 %。从SRAP、ISSR和RAPD扩增图谱中,选出清晰稳定的DNA条带1 046个位点,获得的41 840个数据,经过0、1编码处理,采用组间距离法（Between-groups linkage）和Jaccard相似性系数,应用SPSS 11.0 for Windows软件进行聚类分析,构建了40个双孢蘑菇样品的相似性系数矩阵和遗传关系树状图。从相似性系数矩阵来看,供试的40种双孢蘑菇间的相似系数存在明显差异,说明双孢蘑菇品种具有较为丰富的遗传多样性。根据遗传关系树状图,当距离值取13时,40个双孢蘑菇品种可被分为9个类群,当距离值取16时,40个双孢蘑菇品种可分为6个类群。从获得的DNA指纹图谱中,选择了具有品种或品种群特异性且稳定性好的SRAP、ISSR、RAPD扩增产物DNA条带15条,进行测序。根据测序结果,设计了64对SCAR引物,进行SCAR实验,发现其中6对引物能成功扩增出目的条带,说明这6条特异片段被成功转化为SCAR标记,它们分别为A、C、E、G、H、J片段,与它们相对应的SCAR引物对分别是A1、C4、E5、G5、H2、J3。用其中的A1、C4、E5、G5、J3等5对SCAR引物进行PCR检测,通过检测结果的组合,可以将40个双孢蘑菇品种区分6个品种群。该结果与当距离值取16时,40个双孢蘑菇品种被区分为6个类群的结果完全一致。用E5、H2、J3等3对SCAR引物可以将距离值取13时的40个双孢蘑菇品种分成的第ⅴ类、第ⅵ类与其它类群区分开。另外,应用引物对A1进行PCR检测,可直接鉴别出双孢蘑菇333样品（编号01）。