基于TCGA数据库挖掘的卵巢癌肿瘤突变负荷的相关性分析

来源 :湖北医药学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:gem364258013
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背景:肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)已经成为新兴的生物标志物,TMB的负荷量大小为免疫治疗的有效性提供依据。面对不同的癌症种类,TMB有所不同。目前卵巢癌由于缺乏早期的特异性检查指标,且生长位于盆腔深部,故难以发觉。通过探索TMB与卵巢癌的关系,了解卵巢癌的免疫微环境的重要组成及基因表达的特点,从而进一步认识卵巢癌的发生发展机制,找到免疫治疗新的突破口,以缓解患者的症状,延长生存期。目的:分析TMB与卵巢癌患者预后的关系,以及TMB与卵巢癌基因差异表达和肿瘤组织中浸润性免疫细胞占比的影响。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取卵巢癌患者体细胞突变数据、基因转录组数据及临床信息,利用R软件对数据进行生存分析及差异分析,采用非负矩阵分解CIBERSORT算法确定免疫细胞与TMB亚型之间的相关性。结果:纳入卵巢癌体细胞突变数据下载样本共436例,其中突变种类最多的为错义突变;变体类型中SNP占比最大。SNV中的C>T转换最多,C>A次之;突变频率最高的基因为TP53,其次为TTN,但二者是否突变与生存时间无关,P值分别0.921与0.431;BRAC1是否突变与生存时间无关(P=0.109);TMB水平与卵巢癌总体生存时间无关(P=0.053),而与无进展生存时间相关(P=0.007)。高TMB组与低TMB组之间筛选出5个差异表达基因,分别是AGR3、IGSF23、ALDH1A2、GNAO1、FCRL6;其中IGSF23为上调基因(在差异分析中发现于高TMB水平下,IGSF23呈现高表达),其余4个为下调基因。对已筛选出的差异表达基因进行生存分析:ALDH1A2与总体生存时间相关(P=0.048);AGR3及IGSF23与无进展生存相关,P值分别为0.037与0.024。两组之间浸润性免疫细胞的占比差异分析得出,幼稚B细胞及活跃NK细胞在低TMB组中所占比例更高(P<0.05),M0及M1型巨噬细胞在高TMB组浸润程度较低TMB组水平更高。结论:TMB与卵巢癌的预后存在相关性,高TMB能够获得更长的生存时间;IGS F23的表达水平可更好地作为卵巢癌患者预后判断的指标。
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背景:目前胰十二指肠切除术(Pancreaticoduodenectomy,PD)作为胰头癌、胆管末段恶性肿瘤、十二指肠恶性肿瘤等壶腹周围癌的主要治疗方式。其技术复杂、消化道重建多及手术创伤大,术后并发症发生率仍高达57%,因此如何能提早预测PD术后严重并发症(Severe complication after pancreaticoduodenectom y)的发生,进而针对高危人群提早干预,成
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背景:颅内恶性肿瘤约占全部肿瘤的2.66%,位居全部恶性肿瘤发病率的第九位。其中胶质瘤又居于颅内恶性肿瘤的首位。通过影像学如颅脑磁共振可基本明确诊断。显微手术切除是脑胶质瘤治疗最重要的一个阶段,其中手术能否全切,取决于其部位与性质。在保证生命安全、功能保留的情况下,应当尽量全切肿瘤。目的:脑胶质瘤因其浸润性,其真正侵袭边界往往超过术前磁共振T1增强所显示的范围,故全切肿瘤十分困难。神经导航系统是一