我国水资源短缺造成的供求矛盾已成为社会和经济发展的重要制约因素，单纯依靠行政手段对水资源分配和管理的方式已不适应社会主义市场经济的发展需要。2002年新颁布的《水法》中明确了流域管理与区域管理相结合的原则，如何在新法框架下改革现有的区域水权制度，如何以市场手段优化配置区域水资源、提高水资源的利用效率已经引起广泛的关注。 本文针对这些问题，探讨了在过渡时期内建设区域水权制度的基本框架。改革水权制度的目标是利用市场机制实现水资源优化配置。水权的初始分配是市场配置水权的基础，它以流域水权为基本形式进行水权的界定和分配；合理的水权价格和市场监管机制是实现水权配置高效和公平的保障。 通过对中外水权制度、新旧《水法》的比较分析，指出我国现行水权制度中亟待解决的问题。并结合我国具体国情，应用“产权界定的博弈分析”，构造流域内不同区域在水权配置中产生冲突行为的数学模型，论证了宏观调控与市场运行机制相结合、以流域管理为主的水权制度所具有的科学性与优越性。并将水权制度体系划分成水权配置机制、水权价格机制、水权市场运行机制、水权市场管理机制四个侧面来进行研究，提出了科学可行的政策建议。