为落实国家战略，国家将加快创新型企业的发展，并引导更多的企业走上创新发展道路。但是，现今的创新型企业却在发展中遇到种种问题，特别是中小型企业，由于政府、银行等机构对于企业的核心竞争力，发展前景缺乏正确评价，没有科学的对企业价值进行评估，造成了一些本来很有市场前景的企业出现融资难，政策扶持不到位，人才断档甚至倒闭的现象。为这些具有良好前景的创新型企业创造有利条件，建立一套行之有效的科学估值体系，对创新型企业进行科学估值，是增强政府相关政策的有效性，正确引导社会资本流向，逐步完成国家产业升级以及产业结构调整重要保障。　　 本文简要介绍了创新型企业的定义、特征，创新型企业的估值理论和估值方法，并认真分析了影响创新型企业估值的重点因素，采用实证分析法，对长春吉大正元股份有限公司进行估值并作出分析，剖析了对创新型企业进行估值的特点，从收益法和市场法认真分析了创新型企业在估值时需要注意哪些问题。从一个较为客观全面的评价角度，提出建立创新型企业科学估值体系，并从法律法规建设、规范从业人员资质和人才梯队培养、估值机构资格管理角度提出建立健全科学估值环境，为进一步提高科学估值水平创造良好的外部条件。