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沙门氏菌是引起食源性疾病的常见病原菌之一,每年全球因感染沙门氏菌而引起胃肠炎的患者高达9380万,其中死亡人数约15.5万,且大部分的疫情爆发是通过被沙门氏菌污染的食物或者动物传播的,严重威胁公共卫生健康问题,并且造成了巨大的经济损失。目前沙门氏菌共发现2500多种血清型,鼠伤寒沙门氏菌是常见血清型之一,由鼠伤寒沙门氏菌在全球范围内引起的肆虐感染事件也令人印象深刻。因此,本研究开展了对上海市鼠伤寒沙门氏菌的病原监测及相关的研究。从2011年1月至2014年12月共收集上海市鼠伤寒沙门氏菌641株,其中食源性菌株82株,临床来源菌株559株。临床来源菌株分析显示,各年龄段人群均有感染者,但是5岁以下儿童,尤其是一岁以内儿童更易感染鼠伤寒沙门氏菌,占感染者的49.4%,男性患者与女性患者的比例为1.3:1,每年鼠伤寒沙门氏菌感染高峰集中在夏秋两季。为分析上海市鼠伤寒沙门氏菌的耐药特点,本研究对收集来的所有菌株进行了抗生素敏感性检测。结果显示,菌株对传统抗生素均表现很高的耐药率,从高到低依次为四环素(85%)、萘啶酸(81.6%)、氨苄西林(81.1%)、磺胺异噁唑(79.3%)、氯霉素(58.2%)、链霉素(54.6%)、甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑(50%)和庆大霉素(39.8%)。此外,在氟喹诺酮类药物中,对环丙沙星的耐药率为12.8%;在头孢类药物中,对头孢噻呋,头孢曲松和头孢西丁的耐药率分别为17.6%、17.6%和4.4%;在大环内酯类药物中,阿奇霉素的耐药率为5%。食源性菌株和临床来源菌株耐药性结果比较显示,食源性菌株对萘啶酸、四环素、庆大霉素、氯霉素、磺胺异噁唑和甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑的耐药率高于临床来源菌株,但临床来源菌株对头孢噻呋,头孢曲松和头孢西林耐药性高于食源性菌株,两者对环丙沙星和阿奇霉素的耐药性无明显差异。值得关注的是,仅有26株菌对所有抗生素均敏感,多重耐药菌株高达86.1%,对≥3、≥4、≥5、≥6和≥7类抗生素产生耐药的比例依次为86.1%、79.9%、64.3%、41.3%和0.9%,其中30.4%的菌株耐药谱为ACSSuT(氨苄西林、氯霉素、链霉素、磺胺异噁唑和四环素)。此外还发现22株多重耐药菌株对头孢类药物和环丙沙星同时耐药,其中6株菌对阿奇霉素同时耐药。如果这些多重耐药菌株像DT104型菌株一样在全球广泛传播的话后果不堪设想,应该引起我们高度重视。通过上述药敏结果分析,为上海市临床使用抗生素治疗鼠伤寒沙门氏菌感染提供依据,并提醒我们应合理规范使用抗生素,避免耐药菌株数量继续增加。为研究鼠伤寒沙门氏菌对头孢类药物、环丙沙星和阿奇霉素的耐药机制,本研究对这三类药物常见的耐药基因进行了PCR检测。在82株耐环丙沙星的鼠伤寒沙门氏菌中,76株菌的gyrA基因存在单位点突变(Asp87Asn/Tyr)或者双位点突变(Ser83Phe,Asp87Asn/Gly),其中6株菌同时存在parC单点突变(Ser80Arg),1株菌同时存在parC双位点突变(Thr57Ser,Ser80Arg)。所有菌株gyrB和parC均未发生位点突变。质粒介导的喹诺酮类药物耐药基因(PMQR)结果显示,54(65.9%)菌株含有aac(6’)-Ib-cr基因,6(7.3%)株菌含有qnrB基因,其中2株为qnrB2,4株为qnrB4,仅1株菌含有qnrS1。值得关注的是有53株菌的gyrA基因有一个或者没有突变位点,但均带有一种以上PMQR,说明PMQR基因在介导鼠伤寒沙门氏菌对环丙沙星耐药中有流行的趋势。在116株耐头孢类药物的鼠伤寒沙门氏菌中,广谱β-内酰胺酶(ESBLs)基因普遍存在,其中blaCTX-M、blaTEM-1、blaOXA-1和blaSHV-12阳性率分别为64.7%、44.8%、37.1%和2.6%。blaCTX-M共检测到8种型别:blaCTX-M-14、blaCTX-M-15、blaCTX-M-27、blaCTX-M-55、blaCTX-M-65和blaCTX-M-104,blaCTX-M-123和blaCTX-M-125,均属于blaCTX-M-1群和blaCTX-M-9群,未检出blaCTX-M-2/8/25基因,阳性率最高的为blaCTX-M-14和blaCTX-M-55,分别占29%和41%,此外blaCTX-M-123和blaCTX-M-125基因在鼠伤寒沙门氏菌中首次发现。在32株耐阿奇霉素鼠伤寒沙门氏菌中,有15株MIC≥128μg/mL,均检测到mphA基因,而其余17株MIC值为16-64μg/mL,均未检测到mphA基因,其余大环内酯类耐药基因mphB、ermA、ermB、ereA、mefA和msrA在32株菌中均未发现,推测mphA基因可能介导鼠伤寒沙门氏菌对阿奇霉素的高水平耐药。在22株共同耐头孢类药物和环丙沙星的鼠伤寒沙门氏菌中,共15株菌同时带有ESBLs和PMQR基因,其中还有2株菌对阿奇霉素产生共同耐药,携带耐药基因为aac(6’)-Ib-cr/blaCTX-M/blaTEM/mphA。这些质粒介导的耐药基因极易在细菌间水平传播,造成细菌的多重耐药,因此应积极关注这些基因的播散,并研究其传播机制和途径等,阻止它们的扩散。为了进一步了解上海市鼠伤寒沙门氏菌的亲缘关系及遗传多态性,本研究利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法对257株鼠伤寒沙门氏菌进行了基因分型,聚类分析结果显示食源性菌株与临床来源菌株亲缘关系相近,在A簇中两种来源菌株之间带型相似度为85%,说明食源性菌株是人类感染鼠伤寒沙门氏菌的重要环节。对耐头孢类药物、环丙沙星和阿奇霉素的菌株进行了基因分型,聚类分析结果显示对这三类药物耐药的菌株带型复杂,遗传多态性明显,带型为CEP.022的菌株均带有blaCTX-M和blaTEM基因,且2011-2014年均有分布,表明此带型菌株亲缘关系极近,来自同一克隆群,且这些菌株均对7种以上抗生素耐药,所以极易引起广泛传播,应对此类型菌株加强监控,其余耐药基因与菌株基因分型无明显相关性。综上所述,本研究分析了上海市2011-2014年鼠伤寒沙门氏菌的耐药特点,阐述了菌株对头孢类药物、氟喹诺酮类药物和阿奇霉素的耐药机制,并利用脉冲场凝胶电泳对耐药菌株进行基因分型,探索了食源菌株与临床菌株之间的亲缘关系,为提高鼠伤寒沙门氏菌监控和防治奠定坚实基础。