十八大报告明确指出要“创新行政管理方式，提高政府公信力和执行力，推进政府绩效管理”。中国是对外贸易大国，经济发展主要依托进出口贸易，出入境检验检疫系统就是服务对外经济贸易的技术执法部门。无论是地方政府还是工贸企业都迫切要求出入境检验检疫机构转变职能，提高履职水平，更好的服务地方经济发展。在出入境检验检疫系统开展绩效考核，能更好的发挥其服务经济发展的能力，提升其自我完善的能力，树立其技术执法的公信力。因此准确定位出入境检验检疫系统绩效考核理念，优化检验检疫绩效考核体系迫在眉睫。　　本文从出入境检验检疫系统执行绩效考核的角度出发，以昆山出入境检验检疫局绩效考核工作为例，通过研究昆山检验检疫局绩效考核工作现状，摸清了昆山出入境检验检疫局绩效考核的特点。在此基础之上，通过问卷调查、访谈等形式，发现昆山出入境检验检疫局绩效考核在制度建设、目标分解、指标设置、结果运用四个方面存在的问题。结合昆山检验检疫局实际，针对现存的问题，重点提出具有可操作性、效果良好的对策和措施。建议在完善绩效制度全面性、实现目标分解完整性、设置项目指标科学性、明确激励措施四个方面进行改善。目的是为完善出入境检验检疫系统绩效考核体系提供理论依据，在国家日益重视和加强非传统安全的新形势下，发挥出入境检验检疫系统更大的作用。