高校预算绩效评价，不仅是适应国家宏观政策的需要，也是高校自我发展的需要，具有重要的理论与现实意义。但从目前的现状来看，我国高校预算绩效评价仍处于探索阶段，仍然存在许多问题，需要深入进行研究。本文首先介绍了高校预算绩效评价的内涵与理论基础。指出高校预算绩效评价是对高校预算经费支出的运作结果与绩效目标进行对比判断并将评价信息应用于未来决策优化的管理行为。高校预算绩效评价系统包括预算绩效评价主体、评价客体、评价指标、评价标准和方法等要素。高校预算绩效评价的理论基础包括战略绩效管理理论、委托—代理理论、激励理论等。其次分析了目前我国高校预算绩效评价存在诸如对预算绩效评价重视不够、缺少应有的法律和制度保障、未建立科学、规范、合理的预算绩效评价体系、预算绩效评价缺乏监督机制等问题。再次，针对高校预算绩效评价中存在的问题，从建立健全高校预算绩效评价制度、完善高校预算绩效评价的组织体系、设置科学合理的预算绩效评价指标体系、运用科学的预算绩效评价方法等方面来建立健全高校预算绩效评价机制。最后对A高校预算绩效评价进行了案例分析，并结合该高校预算绩效评价中存在的问题提出了对策建议。