政府资助科技项目的研究成果是我国知识产权的主要来源，其多涉及高新技术、基础研究等重要领域，其知识产权利益的配置已日益成为政府、高校、科研院所、企业及科研人员关注的焦点。政府资助科技项目中主体众多、法律关系复杂，因此不可避免地存在利益冲突，主要包括知识产品共有与私权保护的冲突、要素投入与收益比例的冲突两大类。知识产权是一种具有较强公共利益性质的私权，旨在激励知识创造以及社会利益之间实现平衡，利用利益杠杆的激励作用促进创新知识的供给。利益平衡是知识产权追求的主要价值目标之一，知识产权只有实现个人利益特别是知识产权所有人的利益和社会整体利益之间的平衡与协调，才能实现对社会资源合理的配置。　　 我国对政府资助科技项目知识产权管理的规定散见在许多法律、法规和部门规章之中，这一系列的法律、法规和规章，虽然反映了我国对政府资助科技项目成果知识产权利益配置和管理政策的发展，但却难以给人们以明确、系统的印象，且不同规范之间存在交叉、冲突的现象，对于一些重要的问题或是存在法律的空白或是仅有原则性规定而缺乏配套措施加以规范。因此必须理顺各个主体之间的法律关系以及存在或者可能存在的利益冲突，为科学制定法律规范、合理配置主体利益、有效促进科技创新提供值得信赖的理论与实践依据。　　 本文采取实证调查的方法，通过对东南大学、同济大学参与的政府资助科技项目共60份合同（其中东南大学35份，同济大学25份）进行调研，了解参与合同的主体种类、法律地位，权利与义务的具体设置等情况，并进行统计分析，以期对政府资助科技项目主体利益配置研究提供实践基础。同时文章将法经济学研究和价值分析方法相结合，重点厘清政府资助科技项目成果转化中的利益主体，运用法经济学和价值分析方法反思现行利益分配机制的合理性，探寻第三方参与人、政府及职务发明等权益分配机制改革的必要性，并提出完善立法的相应建议。