目前我国现代化建设和城市化发展进程中大量占用耕地,耕地保护和基本农田保护形势严峻。地方政府在经济利益驱动下保护基本农田的积极性低下；作为基本农田直接保护者的农户受到比较利益、规模经营等新形势的挑战,因此有必要实行基本农田保护补偿政策,顺应“工业反哺农业,城市支持农村”的要求,提高农户保护基本农田的积极性。我国的基本农田保护面临着规划制定不科学、占补平衡不到位、质量分级不完善、保护监测不及时等困境,基本农田保护工作效果差强人意。设立基本农田保护补偿,对农户因保护基本农田所作的贡献和受到的利益损失进行补偿,才能提高其保护积极性,使基本农田保护工作取得更好的效果。目前我国少数城市进行了基本农田保护补偿试点工作,但在补偿目的、补偿方式、补偿标准的确定等方面存在着一些问题。针对这一情况,本文提出建立面向农户的基本农田保护补偿机制,对基本农田外部性价值测算进行研究,确定基本农田保护补偿标准。并对补偿方式进行探讨,力求使基本农田保护补偿在理论上具备科学性,在实践中具备可行性。本文以苏州市吴江区为例,针对吴江区基本农田保护情况,运用基本农田保护补偿测算模型,测算吴江区基本农田外部性价值,据此确定吴江区基本农田保护补偿标准和补偿方式。并对补偿标准和补偿总价进行分析,验证其科学性和可行性,最后从资金、技术层面提出保障措施,就基本农田保护补偿研究的成果应用提出建议。