每一项制度创新都要花费一定成本，制度创新受实施的预期成本的影响，一些好的制度创新因预期成本太高而无法推行。政府在制度创新时会进行成本效益分析，不仅要考虑经济层面的成本与效益，而且要考虑政治层面的成本与收益。在制度变迁的过程中，政府作为一个具有理性选择的主体可以通过制度创新实现“可持续发展”。这种发展具有三方面的意义：其一是能够为政府的存在获得充分的合法性；其二政府能够在与市场的交易中获得可观的效用；其三是能够使政府本身获得组织激励。因此政府制度创新既是一个目标也是一个政府存在的方式。 制度变迁是西方新制度经济学分析政治、经济和社会发展的方法，政府在制度变迁中起着极为重要的作用。政府与市场构成了一个基本的系统，两者之间存在着一种交易关系，政府作为交易的一方需要自身进行制度变迁以降低交易成本。政府变迁的动力来源于两个方面：一方面是来自内存在和发展的要求，另一方面来自外在市场的压力。构建政府与市场之间的良性互动，政府的制度变迁要求建立一个高效、有限、法制、责任的政府。作为政府制度创新的主要推动者，政府从组织结构、执政风格、利用信息和人力资源等四个方面推动政府制度变迁。