毕氏肠微孢子虫（Enterocytozoon bieneusi）、十二指肠贾第虫（Giardia duodenalis）和隐孢子虫（Cryptosporidium spp.）是常见的肠道病原,可感染人、家养动物和野生动物,引起腹泻或其他胃肠道症状,严重时导致死亡。以往研究表明,果子狸在多种人兽共患病的传播过程中起着重要作用。近年来,果子狸在我国南方地区广泛养殖,但对于上述三种病原在果子狸中的感染情况及其人兽共患风险至今尚不清楚。因此,本研究对我国南方人工养殖的果子狸进行微孢子虫、贾第虫和隐孢子虫的检测与鉴定,并评估其人兽共患风险。从海南、广东、江西和重庆的四家果子狸养殖场中,共采集889份新鲜粪样。采用巢式PCR结合测序的方法,对样本中的三种病原进行检测,并鉴定其基因型和亚型。应用卡方检验比较不同养殖场和不同年龄果子狸的感染率差异。进一步采用多位点序列分型技术（multilocus sequence typing,MLST）,研究果子狸中微孢子虫的群体结构和遗传多样性。果子狸中微孢子虫、贾第虫和隐孢子虫的感染率分别为53.3%（474/889）、3.8%（34/889）和0.1%（1/889）。海南和重庆两家养殖场中微孢子虫的感染率显著高于广东场和江西场（P＜0.01）,而广东场中贾第虫的感染率则显著高于海南场和江西场（P＜0.01）,表明不同养殖场中微孢子虫和贾第虫的传播差异较大。另外,＜1岁（61.0%;P＜0.01）和1～2岁（53.5%;P＜0.05）果子狸的微孢子虫感染率显著高于＞2岁（40.9%）果子狸,而1～2岁（10.9%）果子狸的贾第虫感染率则显著高于＜1岁（2.8%;P＜0.01）和＞2岁果子狸（2.4%;P＜0.01）,说明年龄是微孢子虫和贾第虫感染果子狸的风险因素。基因分型结果表明,在果子狸中检测到微孢子虫的2个已知基因型Peru8和J,以及11种新基因型（PL1～PL11）。其中,PL1和PL2为优势基因型。PL4、5、9、10、11属于人兽共患的Group 1,而PL1、2、3、6、7、8属于Group 2。MLST分析表明,在规模最大、建场时间最长的江西场,微孢子虫的基因多样性最高并存在一定的遗传重组,说明较长的养殖历史和高度基因多样性可能促进微孢子虫之间的遗传交换而导致新基因型的出现。在贾第虫的阳性样品中,检测出优势基因型为集聚体B,且集聚体B的13个多位点基因型（MLGs）与来自人的MLGs遗传关系最近。在仅有的1个隐孢子虫阳性样品中,检测到新基因型Civet genotype I,且在SSU r RNA、gp60和hsp70位点上与Bamboo rat genotype II亲缘关系最近。综上,本研究首次报道了微孢子虫、贾第虫和隐孢子虫在人工养殖果子狸中的分布情况,并检测到具有潜在人兽共患风险的微孢子虫和贾第虫基因型,从而为相关疾病防控提供依据。