毛酸浆（Physalis pubescens）是茄科（Solanaceae）药食同源半栽培水果,其膨大宿萼形成“灯笼罩”包被果实,具有保护果实防止机械、昆虫损伤和农药污染功能,与茄科模式植物番茄（Solanum lycopersicum）花萼表型差异的机制还不太清楚。基于此,本研究利用SNP（Single Nucleotide Polymorphism）标记确定毛酸浆在茄科中分类地位基础上,通过比较生物学手段研究了毛酸浆（引自哈尔滨）与樱桃番茄22号（Solanum lycopersicum var.cerasiforme No.22）（黄果）花萼形态、显/超微结构动态变化及相关基因的表达,并得到如下结论:1).基于nr DNA-ITS（Nuclear ribosome deoxyribonucleic acid internal transcribed space）、GBSSI（Granule-bound starch synthase）和trn L-F（Transfer ribonucleic acid leucine—transfer ribonucleic acid phenylalanine）在茄科及拟南芥（Arabidopsis thaliana）垂直进化差异,估测了毛酸浆与其他包括2个科5个属14个种17份材料的亲缘关系,结果显示毛酸浆与黏酸浆（P.ixocarpa）亲缘关系最近,遗传距离为0.056,而与拟南芥（Arabidopsis thaliana）和细叶番茄（Solanum pimpinellifolium）亲缘关系最远,遗传距离分别是0.535和0.175;而基于靶DNA片段nr DNA-ITS、GBSSI和trn L-F垂直进化差异所构建系统进化树显示,毛酸浆始终与酸浆属的黏果酸浆和酸浆（P.alkekengi）归为同一亚组,而远离番茄亚组。2).毛酸浆与番茄花均包括由外至内的花萼、花瓣、雄蕊和雌蕊4轮结构。其中二者最大的区别是前者宿萼膨大形成“灯笼罩”包被果实,并且中线突起成棱,后者仅缓慢生长成果蒂。毛酸浆花药淡紫色,顶颈可育背侧开裂散粉,而樱桃番茄黄色花药,顶颈不育腹缝开裂散粉;前者小孢子发育后期散粉比后者快。毛酸浆淡黄花瓣喉部有“眼状”紫纹,而樱桃番茄黄色花瓣为披针形。开花前,毛酸浆和樱桃番茄花萼的生长速度均较慢,而自开花后7 dpa（days post anthesis）毛酸浆花萼迅速膨大。显微结构结果显示,毛酸浆花萼表皮细胞和薄壁组织细胞间隙在5dpa后快速变大,使其成为“灯笼罩”形包裹果实。同时,与番茄不同,在毛酸浆花萼内表皮无表皮毛着生。3).分析与花萼发育相关基因MPF2、MPF3和Pf AGL1以及与MPF2互作蛋白的编码基因Pf AGL6、Pf-SEP1、Pf-SEP3表达显示MPF3、PfSEP1和Pf-SEP3对花萼发育表现为负向调控,而MPF2和Pf AGL1和表现为正向调控。Pf AGL6可能调控毛酸浆“灯笼罩”结构形态建立。本研究的结果将为后续毛酸浆或植物萼片发育ICS（Inflated Calyx Syndrome）表型形成的分子机制做前期必要的工作。