近年来，越来越多的研究人员发现ncRNA在生命过程中起着至关重要的作用。到目前为止，Rfam数据库中ncRNA还只有2028个家族，而发现的ncRNA数量也逐渐增多，但是有很多的ncRNA在Rfam数据库中找不到已知的类别。因此，给新的ncRNA序列找一个新的类别已成为研究的热门话题之一。而ncRNA序列聚类的效果与提取ncRNA序列信息的准确度息息相关。本文中，提出了两种方法获取ncRNA序列的信息，分别是λ矩阵法和成分比例法对序列特征化。序列之间的距离就转化成序列特征向量的欧式距离了，进而将序列间的距离简化了。文中采用了两种聚类算法对聚类数目未知的ncRNA聚类。第一种方法最临近规则试探法是在λ矩阵法的基础上聚类的，最后将ncRNA序列分为了10类。第二种方法蚁群算法是基于成分比例法聚类的，最终将ncRNA序列分为了23类。为了不让ncRNA序列信息的丢失，将这两种方法聚成的ncRNA类取交集，得到交集ncRNA类即D类和F类。由于F类只有一条序列，将其舍去。最后，对D类中序列进行二级结构预测。发现D类中的序列的二级结构的茎区长度分布相似，在一定的程度上说明D类序列的二级结构有一定的相似性。