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第一章 卵巢上皮癌多药耐药分子机制研究现况
卵巢癌在女性生殖道恶性肿瘤发病率中占第三位，但是死亡率高居第一。化疗是治疗卵巢上皮癌重要手段之一，但多药耐药的产生又是导致化疗失败的中心环节。卵巢上皮癌多药耐药机制十分复杂，目前研究认为可能涉及肿瘤细胞内化疗药物的外排、DNA损伤与修复、细胞凋亡异常和信号传导通路障碍等分子机制，但是至今仍未找到安全有效的逆转耐药靶点。本研究拟通过运用miRNA芯片技术和基因芯片技术，以及生物信息学等多样化研究手段，从临床到基础研究，然后回归临床的研究桥梁，阐述卵巢上皮癌多药耐药分子机制，为寻找安全有效的逆转卵巢上皮癌多药耐药治疗靶点提供理论基础。
笫二章 卵巢上皮癌多药耐药相关miRNA的筛选鉴定及验证
研究目的：筛选卵巢上皮癌多药耐药相关miRNA表达谱。
材料和方法：采用Agilent miRNA芯片，检测5例卵巢上皮癌耐药组织、5例敏感组织、5例卵巢良性肿瘤和5例正常卵巢组织的miRNA表达情况，运用Fc差异倍数，获得了卵巢上皮癌耐药组和敏感组差异大于 2 倍的上调或下调 miRNA。用多个在线软件分别预测上调和下调差异miRNA对应的靶基因，并运用GO分析和Pathway通路富集等生物信息学方法分析预测到的靶基因潜在的生物学功能和参与的信号通路。用QRT-PCR验证芯片结果，并扩大样本量检测目的miRNA的表达情况，并分析 miRNA表达水平与临床病理因素关系。
结果：miRNA芯片筛选出与卵巢上皮癌多药耐药相关的差异表达miRNA共62个，其中有42个miRNA在卵巢上皮癌耐药组织中上调、20个miRNA下调，上调miRNA预测到1391个靶基因，下调miRNA预测到1231个靶基因。GO分析结果显示：上调表达的miRNA预测到的靶基因主要参与了细胞蛋白质代谢过程和RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控过程，下调表达的miRNA预测的靶基因主要参与转录调控、蛋白酶参与的细胞蛋白质分解代谢过程以及细胞蛋白质分解代谢等过程。KEGG Pathways通路分析提示上调表达的 miRNA 预测的靶基因主要参与 TGF-beta 信号通路和粘着连接信号通路。疾病富集分析部分靶基因与卵巢上皮癌或卵巢肿瘤相关。QRT-PCR验证miRNA芯片结果，差异表达的miR-200a-3p、miR-382-5p、miR-1、miR-152和miR-299-5p与芯片表达趋势一致，扩大临床样本验证亦得到了一致的结果，其中miR-200a-3p在卵巢癌耐药组织中下调0.31倍，差异有统计学意义（P＜0.01）；miR-382-5p、miR-152和miR-299-5p分别上调3.53倍、2.69倍和2.70倍，差异有统计学意义（P＜0.01）；miR-1上调1.14倍，差异无统计学意义（P＞0.05）。
结论：我们通过miRNA芯片技术筛选出了跟卵巢上皮癌耐药相关miRNA表达谱，同时靶基因预测提示我们一个miRNA可以调控多个靶基因，而一个靶基因又可能同时受几个 miRNA 的调控，可见 miRNA 的调控机理是十分复杂的。生物信息学分析提示差异表达miRNA预测到的靶基因广泛参与多个生物学过程，我们可以推测这些异常表达的miRNA可能通过调控特定功能的靶基因，参与重要信号传导通路，在肿瘤的生长及肿瘤耐药产生过程中发挥重要角色。后期需要进一步研究以认识这些差异miRNA参与卵巢上皮癌耐药发生的相关分子机制。
笫三章 卵巢上皮癌多药耐药相关mRNA的筛选鉴定及验证
研究目的：筛选卵巢上皮癌多药耐药相关mRNA表达谱。
材料和方法：采用Agilent lncRNA芯片，检测5例卵巢上皮癌耐药组织、5例敏感组织、5例卵巢良性肿瘤和5例正常卵巢组织的mRNA表达情况，获得与卵巢上皮癌耐药组和敏感组差异大于2倍的上调或下调mRNA。运用GO分析和Pathway通路富集等生物信息学方法分析差异表达 mRNA 潜在的生物学功能和参与的信号通路。用QRT-PCR验证芯片结果，并扩大样本量检测目的mRNA的表达情况，并分析mRNA表达水平与临床病理因素关系。
结果：mRNA芯片筛选出于卵巢上皮癌多药耐药相关差异表达mRNA共855个，其中在卵巢上皮癌耐药组织中上调表达的mRNA 598个，下调表达的257个。生物信息学分析结果显示上调 mRNA 主要参与细胞粘附、生物黏附、调节细胞增殖、免疫反应以及血管发育等31个生物学过程，下调mRNA未富集到显著相关生物学过程。KEGG Pathway分析结果显示上调mRNA主要参与了粘着斑和ECM-受体相互作用的信号传导途径。QRT-PCR验证芯片结果，KIT、HGF、CSF1R、PDGFRB和KIAA1804与芯片表达趋势一致，扩大临床样本验证亦得到了一致的结果，其中KIT、HGF、CSF1R、PDGFRB基因在EOC耐药组织中分别上调3.81倍、2.74、2.03倍和2.92倍，差异有统计学意义（P＜0.05），而KIAA1804基因则下调0.42倍，差异有统计学意义（P＜0.05）。
结论：利用基因芯片基础筛选出了跟卵巢上皮癌多药耐药相关的mRNA表达谱，丰富了目前已知的跟耐药相关的靶基因数据。生物信息学提示差异表达 mRNA 多参与细胞粘附、调节细胞增殖、免疫反应等生物学过程，以及部分 mRNA 被富集在粘着斑和ECM-受体相互作用的信号通路上，提示这些差异基因可能通过多种途径参与卵巢上皮癌多药耐药的发生，后期需要进一步研究以认识这些差异miRNA参与卵巢上皮癌耐药发生的相关分子机制。
笫四章 卵巢上皮癌多药耐药相关miRNA-mRNA表达的关联分析及临床验证
研究目的：构建与卵巢上皮癌多药耐药相关miRNA-mRNA调控网络。
材料和方法：对筛出的卵巢上皮癌多药耐药相关的miRNA差异表达谱和mRNA差异表达谱信息运用MAGIA软件进行整合分析，并选取miRNA跟mRNA负相关的miRNA-mRNA，构建卵巢上皮癌耐药相关 miRNA-mRNA 调控网络图，并用 QRT-PCR 方法验证关键位点miRNA和mRNA的表达，并分析miRNA-mRNA表达水平与临床病理因素关系。
结果：miRNA表达谱和mRNA表达谱关联后，共得到53对负关联的miRNA/miRNA，其中包括10个miRNA和43个mRNA，被富集到的靶基因最多的是miR-429和miR-381，对应靶基因数目分别为16个和8个，而被最多miRNA关联调控的mRNA分别是ERBB4、PRKCE和PPP1R9A，印证了一个miRNA调控多个靶基因，而一个靶基因可受到多个miRNA调控。扩大临床样本 QRT-PCR 验证结果：相比于卵巢癌敏感组，miR-429、miR-373-5p在卵巢耐药组中分别下调0.35倍和0.39倍，差异有统计学意义（P＜0.01）；对应靶基因KANK2、ZEB2和CTSD分别上调2.56倍、3.15倍和1.89倍，差异有统计学意义（P＜0.05）；miR-381、miR-495和miR-410在耐药组中分别上调2.36倍、2.46倍和2.42倍，差异有统计学意义（P＜0.01）；对应的靶基因ERBB4、TIAL1、FGFRL1和MPPED2分别下调0.46倍、0.38倍、0.29倍和0.43倍，差异有统计学意义（P＜0.05）。
结论：经过QRT-PCR验证以及文本挖掘，我们认为构建与卵巢上皮癌多药耐药相关的miRNA-mRNA调控网络图比较可靠，提示了在卵巢癌耐药组织中miRNA和mRNA复杂的调控网络关系，亦从多基因多靶点角度阐述了卵巢上皮癌多药耐药的发生机制。而关键位点的miRNA及其负调控mRNA具体以何种方式和途径参与EOC多药耐药机制的发生，需要后期做进一步深入的功能学研究，以期找到确实可靠的逆转卵巢上皮癌MDR 被关键靶点，指导临床更好得防治卵巢上皮癌多药耐药的发生，提高患者预后和生活质量。
卵巢癌在女性生殖道恶性肿瘤发病率中占第三位，但是死亡率高居第一。化疗是治疗卵巢上皮癌重要手段之一，但多药耐药的产生又是导致化疗失败的中心环节。卵巢上皮癌多药耐药机制十分复杂，目前研究认为可能涉及肿瘤细胞内化疗药物的外排、DNA损伤与修复、细胞凋亡异常和信号传导通路障碍等分子机制，但是至今仍未找到安全有效的逆转耐药靶点。本研究拟通过运用miRNA芯片技术和基因芯片技术，以及生物信息学等多样化研究手段，从临床到基础研究，然后回归临床的研究桥梁，阐述卵巢上皮癌多药耐药分子机制，为寻找安全有效的逆转卵巢上皮癌多药耐药治疗靶点提供理论基础。
笫二章 卵巢上皮癌多药耐药相关miRNA的筛选鉴定及验证
研究目的：筛选卵巢上皮癌多药耐药相关miRNA表达谱。
材料和方法：采用Agilent miRNA芯片，检测5例卵巢上皮癌耐药组织、5例敏感组织、5例卵巢良性肿瘤和5例正常卵巢组织的miRNA表达情况，运用Fc差异倍数，获得了卵巢上皮癌耐药组和敏感组差异大于 2 倍的上调或下调 miRNA。用多个在线软件分别预测上调和下调差异miRNA对应的靶基因，并运用GO分析和Pathway通路富集等生物信息学方法分析预测到的靶基因潜在的生物学功能和参与的信号通路。用QRT-PCR验证芯片结果，并扩大样本量检测目的miRNA的表达情况，并分析 miRNA表达水平与临床病理因素关系。
结果：miRNA芯片筛选出与卵巢上皮癌多药耐药相关的差异表达miRNA共62个，其中有42个miRNA在卵巢上皮癌耐药组织中上调、20个miRNA下调，上调miRNA预测到1391个靶基因，下调miRNA预测到1231个靶基因。GO分析结果显示：上调表达的miRNA预测到的靶基因主要参与了细胞蛋白质代谢过程和RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控过程，下调表达的miRNA预测的靶基因主要参与转录调控、蛋白酶参与的细胞蛋白质分解代谢过程以及细胞蛋白质分解代谢等过程。KEGG Pathways通路分析提示上调表达的 miRNA 预测的靶基因主要参与 TGF-beta 信号通路和粘着连接信号通路。疾病富集分析部分靶基因与卵巢上皮癌或卵巢肿瘤相关。QRT-PCR验证miRNA芯片结果，差异表达的miR-200a-3p、miR-382-5p、miR-1、miR-152和miR-299-5p与芯片表达趋势一致，扩大临床样本验证亦得到了一致的结果，其中miR-200a-3p在卵巢癌耐药组织中下调0.31倍，差异有统计学意义（P＜0.01）；miR-382-5p、miR-152和miR-299-5p分别上调3.53倍、2.69倍和2.70倍，差异有统计学意义（P＜0.01）；miR-1上调1.14倍，差异无统计学意义（P＞0.05）。
结论：我们通过miRNA芯片技术筛选出了跟卵巢上皮癌耐药相关miRNA表达谱，同时靶基因预测提示我们一个miRNA可以调控多个靶基因，而一个靶基因又可能同时受几个 miRNA 的调控，可见 miRNA 的调控机理是十分复杂的。生物信息学分析提示差异表达miRNA预测到的靶基因广泛参与多个生物学过程，我们可以推测这些异常表达的miRNA可能通过调控特定功能的靶基因，参与重要信号传导通路，在肿瘤的生长及肿瘤耐药产生过程中发挥重要角色。后期需要进一步研究以认识这些差异miRNA参与卵巢上皮癌耐药发生的相关分子机制。
笫三章 卵巢上皮癌多药耐药相关mRNA的筛选鉴定及验证
研究目的：筛选卵巢上皮癌多药耐药相关mRNA表达谱。
材料和方法：采用Agilent lncRNA芯片，检测5例卵巢上皮癌耐药组织、5例敏感组织、5例卵巢良性肿瘤和5例正常卵巢组织的mRNA表达情况，获得与卵巢上皮癌耐药组和敏感组差异大于2倍的上调或下调mRNA。运用GO分析和Pathway通路富集等生物信息学方法分析差异表达 mRNA 潜在的生物学功能和参与的信号通路。用QRT-PCR验证芯片结果，并扩大样本量检测目的mRNA的表达情况，并分析mRNA表达水平与临床病理因素关系。
结果：mRNA芯片筛选出于卵巢上皮癌多药耐药相关差异表达mRNA共855个，其中在卵巢上皮癌耐药组织中上调表达的mRNA 598个，下调表达的257个。生物信息学分析结果显示上调 mRNA 主要参与细胞粘附、生物黏附、调节细胞增殖、免疫反应以及血管发育等31个生物学过程，下调mRNA未富集到显著相关生物学过程。KEGG Pathway分析结果显示上调mRNA主要参与了粘着斑和ECM-受体相互作用的信号传导途径。QRT-PCR验证芯片结果，KIT、HGF、CSF1R、PDGFRB和KIAA1804与芯片表达趋势一致，扩大临床样本验证亦得到了一致的结果，其中KIT、HGF、CSF1R、PDGFRB基因在EOC耐药组织中分别上调3.81倍、2.74、2.03倍和2.92倍，差异有统计学意义（P＜0.05），而KIAA1804基因则下调0.42倍，差异有统计学意义（P＜0.05）。
结论：利用基因芯片基础筛选出了跟卵巢上皮癌多药耐药相关的mRNA表达谱，丰富了目前已知的跟耐药相关的靶基因数据。生物信息学提示差异表达 mRNA 多参与细胞粘附、调节细胞增殖、免疫反应等生物学过程，以及部分 mRNA 被富集在粘着斑和ECM-受体相互作用的信号通路上，提示这些差异基因可能通过多种途径参与卵巢上皮癌多药耐药的发生，后期需要进一步研究以认识这些差异miRNA参与卵巢上皮癌耐药发生的相关分子机制。
笫四章 卵巢上皮癌多药耐药相关miRNA-mRNA表达的关联分析及临床验证
研究目的：构建与卵巢上皮癌多药耐药相关miRNA-mRNA调控网络。
材料和方法：对筛出的卵巢上皮癌多药耐药相关的miRNA差异表达谱和mRNA差异表达谱信息运用MAGIA软件进行整合分析，并选取miRNA跟mRNA负相关的miRNA-mRNA，构建卵巢上皮癌耐药相关 miRNA-mRNA 调控网络图，并用 QRT-PCR 方法验证关键位点miRNA和mRNA的表达，并分析miRNA-mRNA表达水平与临床病理因素关系。
结果：miRNA表达谱和mRNA表达谱关联后，共得到53对负关联的miRNA/miRNA，其中包括10个miRNA和43个mRNA，被富集到的靶基因最多的是miR-429和miR-381，对应靶基因数目分别为16个和8个，而被最多miRNA关联调控的mRNA分别是ERBB4、PRKCE和PPP1R9A，印证了一个miRNA调控多个靶基因，而一个靶基因可受到多个miRNA调控。扩大临床样本 QRT-PCR 验证结果：相比于卵巢癌敏感组，miR-429、miR-373-5p在卵巢耐药组中分别下调0.35倍和0.39倍，差异有统计学意义（P＜0.01）；对应靶基因KANK2、ZEB2和CTSD分别上调2.56倍、3.15倍和1.89倍，差异有统计学意义（P＜0.05）；miR-381、miR-495和miR-410在耐药组中分别上调2.36倍、2.46倍和2.42倍，差异有统计学意义（P＜0.01）；对应的靶基因ERBB4、TIAL1、FGFRL1和MPPED2分别下调0.46倍、0.38倍、0.29倍和0.43倍，差异有统计学意义（P＜0.05）。
结论：经过QRT-PCR验证以及文本挖掘，我们认为构建与卵巢上皮癌多药耐药相关的miRNA-mRNA调控网络图比较可靠，提示了在卵巢癌耐药组织中miRNA和mRNA复杂的调控网络关系，亦从多基因多靶点角度阐述了卵巢上皮癌多药耐药的发生机制。而关键位点的miRNA及其负调控mRNA具体以何种方式和途径参与EOC多药耐药机制的发生，需要后期做进一步深入的功能学研究，以期找到确实可靠的逆转卵巢上皮癌MDR 被关键靶点，指导临床更好得防治卵巢上皮癌多药耐药的发生，提高患者预后和生活质量。