氨基酸侧链的异—构分析

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自然界中所有的蛋白质都是由一系列氨基酸按一定生物规则排列成。而最常见的氨基酸种类有20种,除甘氨酸(GLY)外,每—种氨基酸都至少有一个不对称的碳原子,即在羧基和氨基之间的那个碳原子,所以每—种氨基酸都可以以两种旋光异构体存在。一般来说,我们对这两种旋光异构体以L-型氨基酸和D-型氨基酸来标识。但是在氨基酸肽链里由化学分析和X射线分析我们知道多肽链几乎全部由L-型氨基酸组成。通过分析表明,在氨基酸肽链中以万分之一的概率存在—些D-型氨基酸,本文通过找到这些存在着的D-型氨基酸,并加以分析,得到关于这些特殊氨基酸结构上一些参数的有用结果。 作者通过对PDB数据库(http://www.rcsb.org/pdb)中每个氨基酸中特定的原子坐标数据的计算,利用一系列数学工具找出其中所有的D-型氮基酸。并对这些特殊氨基酸的一些参数,例如边长,键角,出现频率等加以统计分析,然后和L-型氮基酸的这些参数加以比较,以此来讨论这些特殊氨基酸位点的结构特征。最后,以上面的分析作为基础,从结构和功能上对于这些特殊的氨基酸的存在原因进行一些初步的分析,例如对D-型氨基酸中出现频率比较高的脯氨酸(P)等出现原因的分析并讨论其意义。
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