家驴作为马属中的一种动物,和马具有一些相似的特征。但它的抗旱和耐压能力更为出众,因此多见分布在一些极端环境中。家驴的驯化标志着人类社会中的生产模式从固定的农耕模式变为了更具移动性的模式,对人类社会文明的发展具有重要意义。但如今野驴几近灭绝,家驴种质多样性急剧下降,探明家驴进化起源问题从而找到保护多样度相关对策变得迫在眉睫。从线粒体DNA分析及考古的证据都认为,在约5000年前的非洲东北部存在家驴驯化事件,进一步的分子证据认为驯化后分为了两支:努比亚世系(NUB)和索马里世系(SOM),努比亚世系被认为是由努比亚野驴驯化而来,而索马里世系则起源于一种可能已灭绝的但关系与索马里野驴很近的野驴。然而目前尚未可知这两个世系是否源自同一驯化事件,即是否具有相同的驯化历史。在前期本研究假设两个世系具有相同驯化历史,则两个世系应当具有相似遗传特征。为了进一步确认该假设,我们选用了来自非洲及中亚地区以及中国的113个样品(包括家驴,亚洲野驴,马)对线粒体D-loop区以及其中77个样品进行线粒体全基因组测序,再结合网上已发表的531条涵盖非洲,亚洲等地区的线粒体基因进行综合分析。之后我们基于线粒体全基因组构建了NJ和ML系统发育树和首棵单倍型系统发育树,初步得到了家驴相关系统关系及序列分类结果。又利用D-loop序列进行了系统关系分析及世系分类后,结合分类结果以及地理信息进一步分析了家驴两个世系的中介网络图结构、多样度递减程度、不同地区的分布频率、群体数量的演化历史初步分析。以上结果均表现出明显差异,提示家驴的两个世系可能具有不同的驯化历史和迁移扩散路线,即与我们的假设正好相反。由此为家驴种质资源的保护与利用提供了重要信息,并为进一步深入探讨远古时期人类社会文明发展历史提供了重要线索。