目的:胆管癌是一种恶性程度比较高的肿瘤,起源于胆管上皮组织,在所有胆道肿瘤中其占比达到50%～60%。胆管癌的准确诊断困难,疾病发展迅速,易发生侵袭转移,癌症恶性程度高,患者预后差。其五年生存率仅为5%～15%。临床上,手术是治疗胆管癌的最主要的手段,但是胆管癌解剖位置比较特殊,肿瘤大小较小,很难获取肿瘤组织而且肿瘤异质性特征明显,导致临床诊断准确率较低,手术效果评估困难。目前临床上用于诊断和手术效果评估的肿瘤标志物主要是CA199和CEA,但是敏感性和特异性较低不能满足要求,因此开发非侵入性的诊断及手术效果评估方法尤为重要。本课题对确诊胆管癌症病人及疑似癌症病人的血浆cfDNA及白细胞的基因组DNA(g DNA)进行高深度靶向测序,结合临床病例信息,通过分组对比获得具有区分价值的信息,提高病人术前诊断和预后评估效率。方法:本研究收集上海交通大学附属仁济医院胰胆外科2017年7月至2019年8月期间19例胆管癌病人术前术后血液样本和17例疑似胆管癌症病人术前血液样本,提取血浆cfDNA及相应白细胞g DNA,样本总数91个。采用高灵敏度的单端特异性分子条形码(unique molecular identifiers,UMIs)技术进行93个基因靶向深度测序(20000×),检测限约0.5%。结合病人临床信息进行数据分析,通过对比cfDNA的SNVs的数目、突变类型等用以区分癌症病人和疑似癌症病人。cfDNA中真正的体细胞突变个数作为诊断指标诊断的灵敏度与特异性的程度通过绘制ROC曲线来判断。通过等位基因突变频率偏差AFD(Allele Frequency Deviation)算法,计算cfDNA术前术后与白细胞g DNA量化突变频率的总体偏差来预测手术效果。结果:胆管癌病人cfDNA体细胞突变个数作为指标的诊断灵敏度为:70.6%特异性为:83.3%;CA199:敏感度:86.7%特异性:81.8%;CEA敏感度:73.3%特异性:100%。cfDNA作为辅助诊断标志物与原有肿瘤标志物相结合,可使临床诊断的灵敏度和特异性能达到95%以上。而且在采样中cfDNA的变化与肿瘤标记物的动态关系良好。在单个基因的分析层面EGFR和ROS1对癌症组合疑似癌症组的区分效果灵敏度和特异性能达到90%以上,是比较好的区分标记基因。结合癌症病人总生存期发现AFD值越小的病人手术效果好,AFD值越大病人手术效果越差。癌症病人术后cfDNA的AFD值对病人的预后有指示作用,结合其他肿瘤标志物能提高癌症病人的术后预后效果。结论:cfDNA作为胆管癌的辅助诊断指标有效提高术前诊断的灵敏度和特异性。可以对部分病人的手术效果及癌症病人的预后做先验性评价。在胆管癌诊断试验中,如果组织取样不安全、不可行或不成功,应该考虑cfDNA测序。癌症病人术后cfDNA的AFD值对病人的预后有指示作用,结合其他肿瘤标志物能提高癌症病人的术后预后效果。