长株潭国家自主创新示范区作为中部地区首个以城市群为基本单元来建设的国家自主创新示范区,担负着探索科技体制改革和推动自主创新的重大使命,对其创新能力的全面、系统分析,有利于进一步丰富创新理论研究,为推动创新引领开放崛起战略的实施提供理论支撑,为推进湖南建设科技强省的步伐提供决策支持。本文对长株潭国家自主创新示范区的空间范围进行了界定,构建了国家自主创新示范区创新能力评价指标体系,利用因子分析法对长株潭国家自主创新示范区2009-2016年的创新能力进行了动态变化分析,并与其它18个国家自主创新示范区进行了横向对比,利用灰色关联法分析了长株潭国家自主创新示范区创新能力的影响因素,分析了该区在创新发展过程中存在的主要问题,并提出相关对策建议。具体研究结论如下:(1)长株潭国家自主创新示范区创新能力评价。运用横向对比分析和动态变化分析相结合的方法对长株潭国家自主创新示范区的创新能力进行评价,结果表明,长株潭国家自主创新示范区的创新支撑环境较好,创新产出能力有待进一步提高;科技创新投入力度逐渐增强,企业创新能力不强;整体创新竞争力逐步提高,但与其它示范区差距较大;开发区空间联系不强,带动作用有待提高;绩效考核评价体系不完善,存在行政壁垒阻碍协同创新的现象。(2)长株潭国家自主创新示范区创新能力影响因素分析。运用灰色关联分析法对长株潭国家自主创新示范区创新能力影响因素进行了分析,结果表明,长株潭国家自主创新示范区的创新能力主要受GDP、每万人在校大学生数、科技活动经费内部支出、R&D人员数量、外商直接投资总额、专利授权量的影响,这6个因素对长株潭国家自主创新示范区创新能力具有比较显著的影响,但不同因素的影响程度仍有差异,按照影响程度由大到小依次为科技活动经费内部支出、R&D人员数量、外商直接投资总额、每万人在校大学生数、GDP、专利授权量。(3)长株潭国家自主创新示范区创新发展的对策建议。针对实证分析中发现的长株潭国家自主创新示范区创新发展过程中存在的问题,本文提出6个方面的对策建议:加强开发区的空间联系,推动开发区协调发展;加大科技创新投入力度、提高资源利用效率;优化创新支撑环境,完善法律法规;打破行政壁垒,加强区域协作;加快科技成果转化、改善城市综合环境;加强产业集群建设、提升企业创新能力。