我国医药制造业在区域间的发展不协调,先发地区与后进地区在科研力量和新药研发成果上都存在较大差距。区域医药制造业的技术差距,由产业发展历史、区域经济发展水平、区域地理位置等多方面原因造成,但这是中国医药制造业,在下一阶段继续寻求科技突破、实现产业结构优化,所必须面对的现实。但现有的创新效率研究,多是从“技术水平给定”的逻辑基点出发,忽略各产业技术发展特征,忽略了区域间因技术差距,导致区域医药制造业相关研究没有“药味”,也与现实的情况相去较远。那么,在技术差距的现实视角下,再重新思考这个问题,会不会有不一样的结果?医药制造业的创新效率与区域产业竞争力的关系到底如何?创新效率提高,必然引起产业竞争力的提升吗?为解决上述问题,本文尝试通过两种不同的方式,将技术差距纳入到创新效率对产业竞争力影响的研究框架中。第一种方式:将技术差距因素,纳入创新效评价模型。首先,以知识、经济产出的表征量和技术差距表征量的交乘项,作为产出量;然后运用随机前沿模型对创新效率进行了测度,再分析环境变量对该效率的影响。第二方式,将技术差距因素,纳入创新效率对产业竞争力影响模型中。首先,借鉴学者们对产业创新效率的研究成果,运用DEA模型对区域医药制造业进行创新效率评价;然后,以技术存量为门槛,将各区域区分至不同技术水平区间,再研究创新效率及研发投入强度等因素对产业竞争力的影响。研究结果表明:（1）含技术差距的效率测度结果,与各地区上市公司数量高度相关,说明含技术差异模型,反映了各地区医药制造业的竞争力;（2）规模效率低是限制产业竞争力提升的主要因素,而产业集聚度和技术引进投入对竞争力提升有显著促进作用;（3）从创新效率角度看我国医药制造业结构,总体呈金字塔型分布,但缺乏效率次优组,存在大量基础层的重复建设。（4）无技术差异模型测度的创新效率,对区域医药制造业竞争力的影响呈U字型,即高、低技术水平地区,创新效率的提高对产业相对实力的提升有促进作用,而在中等技术水平地区,该影响却为负;（5）同时,研发投入强度,对产业竞争力的影响,也U型,情况与上述的创新效率一致,即中等技术水平地区存在“研发过度陷阱”;（6）有效技术存量水平是产业竞争力飞跃的关键门槛,持续的技术积累是促进医药制造业发展的持续动力。